| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,424,864 | 0 | T | C | 25.0% | 56.6 / 20.8 | 36 | intergenic (‑73/‑254) | yjfY/rpsF | DUF1471 domain‑containing protein YjfY/30S ribosomal subunit protein S6 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/13); new base C (6/3); total (20/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.06e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGCCTAAGCTTTGCACATCGTCCATATTTCTGGCCTGGTGGTTATTAATTTCAATGGCTGCCCATGTATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTGAATAATCCGTAAGGAGCA > NC_000913/4424623‑4425112 | aTGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGCCTAAGCTTTGCACATCGTCCATATTTCTGGCCTGGTGGTTATTAATTTCAATGGCTGCCCATGTATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGtt < 1:167964/251‑1 (MQ=255) cTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGCCTAAGCTTTGCACATCGTCCATATTTCTGGCCTGGTGGTTATTAATTTCAATGGCTGCCCATGTATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATg > 2:137162/1‑251 (MQ=255) cAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGCCTAAGCTTTGCACATCGTCCATATTTCTGGCCTGGTGGTTATTAATTTCAATGGCTGCCCATGTATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATg < 1:157307/250‑1 (MQ=255) cAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGCCTAAGCTTTGCACATCGTCCATATTTCTGGCCTGGTGGTTATTAATTTCAATGGCTGCCCATGTATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCACTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATg < 2:232801/250‑1 (MQ=255) ggggcaaaaTTATGGTGGATAAAAATCACGCCTAAGCTTTGAACATCGGCCATATTTCTGGCCTGGAGGGTATTAATTTCAATGGCTGCACATGTATTAGCACTTAACAAAATCAAAGCCAGAAGGGCTAAAACACGAATGAACATAGATACCTCCGCGACGGCTGACTTTGAGTGCTCTCCTCAGTGAGTATCGTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCat > 1:180999/7‑250 (MQ=255) gTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCAAGCCTAAGCTCTGCACATCGTACATATTTCTGGCCTGGAGGTTATTAATTTCAATGGATGCCCATGAATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGCAGGGCTAACACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTAACTTTGTGTGCTCTCCTCTGAGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGc > 1:181007/1‑249 (MQ=255) cGAAATTATGATTGATATAAATCACGCCTAAGCTTTGCACATCGTCCATATTTCTGGCCTGGTGGTTATTAATTTCAATGGCTGCCCATGTATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAgttgt < 2:233702/251‑1 (MQ=255) aTTATGATTGATATAAATCACGCCTAAGCTTTGCACATCGTCCATATTTCTGGCCTGGTGGTTATTAATTTCAATGGCTGCCCATGTATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCaa < 1:165909/251‑1 (MQ=255) cTTTGCACATCGTCCATATTTCTGGCCTGGTGGTTATTAATTTCAATGGCTGCCCATGTATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGACAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAAc > 1:26071/1‑251 (MQ=255) ggCCTGGTGGTTATTAAGTTCAATGGCAGCCCATGTATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGATCAGAGATACCTCCTTGACGGCTGACTTGGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGATGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTATAGGtt < 2:194340/251‑1 (MQ=255) ttCAATGGCTGCCCATGTATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGgaga < 1:183350/250‑1 (MQ=255) aaTGGCTGCCCATGTATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCTAAAGTGGAGattta < 2:34517/251‑1 (MQ=255) gCCCATGTATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGACAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCg < 1:82717/249‑1 (MQ=255) tttGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCtt > 1:220491/1‑251 (MQ=255) cAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGt > 2:245207/1‑250 (MQ=255) tGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAGTTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGAACTATAACGCGTCATTTTTc > 2:8241/1‑250 (MQ=255) aGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGACAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGAca < 2:44850/251‑2 (MQ=255) aTACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCtt < 1:238906/251‑1 (MQ=255) aCCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCttt > 2:211480/1‑250 (MQ=255) gACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGACAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTc > 1:218163/1‑251 (MQ=255) gacttcgcgtgCTATCCTCTGAGATGATCTTCTGATTTACTTTTAATCAATGATAAAGCAGTTGATGGTGACCATTTATGATGCAGTTGTTCACAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGCGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCTACCTTTAACACGTACCTTGCCt > 2:245303/9‑251 (MQ=255) ttGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTccc < 1:72397/250‑1 (MQ=255) tgCTCTCATCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGAt > 1:193028/1‑251 (MQ=255) gtgATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGCCAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGACTCCCCGGGATTCGGCTGAccc > 2:164021/1‑251 (MQ=255) cttctGATTTAATTTTAATCAATGACAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGatttattt < 1:94122/141‑1 (MQ=255) cttctGATTTAATTTTAATCAATGACAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGatttattt > 2:94122/1‑141 (MQ=255) gATTTAATTTTAATCAATGACAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTg > 1:113745/1‑251 (MQ=255) aTTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTg > 2:188927/1‑250 (MQ=255) taattttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTGaat < 1:202905/250‑1 (MQ=255) aattttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTGaataa < 2:70810/251‑1 (MQ=255) tttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTGAATAATcc > 2:99975/1‑251 (MQ=255) tttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTGAATAATcc > 2:50251/1‑251 (MQ=255) cAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTGAATAATCCGTAAgg > 1:42846/1‑251 (MQ=255) aaTGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTGAATAATCCGTAAgg > 1:13717/1‑250 (MQ=255) aTGACAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTGAATAATCCGTAAgg > 1:169771/1‑249 (MQ=255) gATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACTCCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTACCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTGAATAATCCGTAAGGAGCa < 2:161936/251‑1 (MQ=255) | ATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGCCTAAGCTTTGCACATCGTCCATATTTCTGGCCTGGTGGTTATTAATTTCAATGGCTGCCCATGTATTTGCACTTAGCAAAAGCACAGCCAGAAGGGCTAAAACACGACTGAACATAGATACCTCCTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTGAATAATCCGTAAGGAGCA > NC_000913/4424623‑4425112 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |