| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,349,259 | C→T | intergenic (‑515/+56) | dcuB ← / ← dcuR | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter DcuB/DNA‑binding transcriptional activator DcuR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,349,259 | 0 | C | T | 92.3% | 37.0 / ‑6.0 | 13 | intergenic (‑515/+56) | dcuB/dcuR | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter DcuB/DNA‑binding transcriptional activator DcuR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (7/5); minor base A (1/0); total (8/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGCCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACAAGATGTGGCAGTTGACCAGCCAGATGAGGTATTTACGGCAGGAAACACGCGAAAT > NC_000913/4349018‑4349467 | tatTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGTCAGGGGTAt > 1:112955/1‑251 (MQ=255) aTCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTTGGTTTATAGATTAATATGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAACACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACACGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGTCAGGGTTATTTTGc > 2:178837/1‑251 (MQ=255) aGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGTCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAg < 2:78460/251‑1 (MQ=255) aatAGGTTTATAGAGTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGTCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAAcc > 1:101415/3‑250 (MQ=255) tGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGTCAGGGGTATTTTGCATTACGGta < 1:264473/207‑1 (MQ=255) tGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGTCAGGGGTATTTTGCATTACGGta > 2:264473/1‑207 (MQ=255) aGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGTCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGcc < 2:49645/250‑1 (MQ=255) aaTTAAAAACAACGTTCACCTGAAGAGCTATTACTTTTTCGCGTGGCAGAAGGGATACTTAAATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGACGGATGTAACTTGTGACAGGGGTATTTTGCATTACCGTAATAATTATTACTTACAGATAAACAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGAAACGGTACACTGGACGCCCCGATACGCCATAATGGCTAc > 1:126554/1‑251 (MQ=255) cACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGTCAGGGGTATTTTGCATTACg > 2:232412/1‑111 (MQ=255) cACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGTCAGGGGTAGTTTGCATTACg < 1:232412/111‑1 (MQ=255) ttAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGTCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACAAGATGTGGCAGTTGAccagcc > 2:211343/1‑251 (MQ=255) gatgGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGTCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACAAGATGTGGCAGTTGACCAGCCAGATGAGGTATTTa < 1:180317/250‑1 (MQ=255) ttGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGTCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACAAGATGTGGCAGTTGACCAGCCAGATGAGGTATTTACGGCAGGAAACACGCGAAAt > 1:296609/1‑251 (MQ=255) | TATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGCCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACAAGATGTGGCAGTTGACCAGCCAGATGAGGTATTTACGGCAGGAAACACGCGAAAT > NC_000913/4349018‑4349467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |