| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,511,362 | C→T | G21S (GGC→AGC) | yhfY ← | PRD domain‑containing protein YhfY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,511,362 | 0 | C | T | 97.2% | 125.8 / NA | 36 | G21S (GGC→AGC) | yhfY | PRD domain‑containing protein YhfY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (21/14); minor base G (0/1); total (21/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCCAGTGCGAATTCCTTCAACAACACCTGATGCAATTGCACAACGGCTTGCCAGTGGCTGGATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTC > NC_000913/3511135‑3511607 | ttCCAGTGCGAATTCCTTCAACAACACCTGATGCAATTGCACAACGGCTTGCCAGTGGCTGGATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCTTTTGCAGATGTCCTTATCAATa > 1:212331/1‑250 (MQ=255) tGCGAATTCCTTCAACAACACCTGATGCAATTGCACAACGGCTTGCCAGTGGCTGGATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCTTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACgcctg > 1:311618/1‑251 (MQ=255) aTTCCTTCAACAACACCTGATGCAATTGCACAACGGCTTGCCAGTGGCTGGATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCTTTTGCAGATGTCCTTATCAATAAAGCCTGCCTCg > 1:129963/1‑251 (MQ=255) ttCAACAACACCTGATGCAATTGCACAACGGCTTGCAAGAGGCTGGATTTCGCCAGTTATACCCACCACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGCGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCCTCATGCTTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCaa > 2:31974/1‑249 (MQ=255) aacaCCTGATGCAATTGCACAACGGCTTGCCAGTGGCTGGATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCTTTTGCAGGTGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGtt > 2:322800/1‑251 (MQ=255) gATGCAATTGCACAACGGCTTGCCAGTGGCTGGATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCTTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTc < 1:250848/249‑1 (MQ=255) aTTGCACAACGGCTTGCCAGTGGCTGGATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCTTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTcc < 2:18984/251‑1 (MQ=255) 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cAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCTTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATcgc < 1:153468/251‑1 (MQ=255) catGCTTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTc > 1:359372/1‑251 (MQ=255) | TTCCAGTGCGAATTCCTTCAACAACACCTGATGCAATTGCACAACGGCTTGCCAGTGGCTGGATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTC > NC_000913/3511135‑3511607 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |