| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 471,115 | G→A | M160I (ATG→ATA) | mdlB → | ABC transporter family protein MdlB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 471,115 | 0 | G | A | 96.3% | 92.4 / NA | 27 | M160I (ATG→ATA) | mdlB | ABC transporter family protein MdlB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (14/12); minor base C (1/0); total (15/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACATTACGCGCAGTCGCTGCTGTTTAATCGGGCGGCAGTAGGCGTAGTGCAACAGTTGCGTACCGACGTGATGGATGCTGCGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCAACGACGGCTTTAACGAAATCATCAATGGCATGAGCGTTATCCAGCAGTTTCGTCAGCAGGCGCGATTTGGCGAACGTATGGGGGAGGCCAGTCGTTCACACTA > NC_000913/470878‑471348 | aCATTACGCGCAGTCGCTGCTGTTTAATCGGGCGGCAGTAGGCGTAGTGCAACAGTTGCGTACCGACGTGATGGATGCTGCGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGAc < 1:89123/250‑1 (MQ=255) tAATCGGGCGGCAGTAGGCGTAGTGCAACAGTTGCGTACCGACGTGATGGATGCTGCGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 2:218705/1‑250 (MQ=255) cGGGCGGCAGTAGGCGTAGTGCAACAGTTGCGTACCGACGTGATGGATGCTGCGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGGAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGAt < 1:117415/251‑1 (MQ=255) gggCGGCAGTAGGAGTAGTGCAACAGTTGCGTACCGACGTGATGGATGCTGAGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGAtt > 2:160413/1‑251 (MQ=255) cAGTAGGCGTAGTGCAACAGTTGCGTACCGACGTGATGGATGCTGCGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCg < 2:182887/251‑1 (MQ=255) aGGCGTAGTGCAACAGTGGCGTACCGACGTGATGGATGCTGCGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCggtg < 2:186690/250‑1 (MQ=255) cGTGATGGATGCTGCGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGGAGTGGTGATATACCAGc > 2:240399/1‑251 (MQ=255) gatggatgCTGCGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGCGGTGCTGGTGGGAATGGTGGTATACCAGCGtt > 1:160356/1‑251 (MQ=255) cGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCg > 1:8616/1‑251 (MQ=255) aaGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTgc > 2:99516/1‑251 (MQ=255) aGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTgcg < 1:130725/251‑1 (MQ=255) gATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTCCCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTAttt < 2:175616/251‑1 (MQ=255) cAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCgg > 1:151930/1‑250 (MQ=255) gTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCa > 2:206671/1‑250 (MQ=255) cgcgTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGAATTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCAACGACGGCTTTAACGAAat > 1:157192/1‑251 (MQ=255) cgTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCAACGACGGCTT‑AACGAAatcct > 2:107680/1‑249 (MQ=255) ccGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCAACGACGGCTTTAACGAAATCATCAATGGCATGAGCGTTATCcag < 1:101461/250‑1 (MQ=255) gATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATTAACGACGGCTTTAACGAAATCATCAATGGCATGAGCGTTATCCAGCAGtt > 1:109946/1‑251 (MQ=255) tatACGTTAGCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGGGGGCGCGATGCTGGTGGCGATCTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCAACGACGGCTTTAACGAAATCATCCATGGCCTGCGCGTTATCCAGCAGTTTCGt > 2:39389/3‑251 (MQ=255) 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1:106954/1‑159 (MQ=255) cgATGCTGGTGGCGATATTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTGACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCAACGACGGCTTTa < 2:106954/159‑1 (MQ=255) | ACATTACGCGCAGTCGCTGCTGTTTAATCGGGCGGCAGTAGGCGTAGTGCAACAGTTGCGTACCGACGTGATGGATGCTGCGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCAACGACGGCTTTAACGAAATCATCAATGGCATGAGCGTTATCCAGCAGTTTCGTCAGCAGGCGCGATTTGGCGAACGTATGGGGGAGGCCAGTCGTTCACACTA > NC_000913/470878‑471348 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |