| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 630,783 | G→A | G297D (GGC→GAC) | cstA → | pyruvate transporter CstA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 630,783 | 0 | G | A | 95.5% | 219.7 / ‑5.7 | 67 | G297D (GGC→GAC) | cstA | pyruvate transporter CstA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base A (26/38); total (29/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.63e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGG‑CCCGGTATGGACCGGTAACCTG‑TTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCT > NC_000913/630538‑631029 | ggggCGTATTGGCGAAGTGGCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACAttt < 2:450506/251‑1 (MQ=255) gggCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACAtttt < 1:106752/251‑1 (MQ=255) aTTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGCTAGACATTTTGATTa < 1:374689/250‑1 (MQ=255) aTTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGAGTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACATTTTGATTAt < 2:32475/251‑1 (MQ=255) gtCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACATTTTGATTATGCGCCCGACg < 1:393020/250‑1 (MQ=255) tCATCGGTCTGGTATTACTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGGGGGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGGCTATCCTCGGTCTGGGGGGAGACAATTTTATTTTTCGCCCGACGCTggcc > 1:406483/1‑248 (MQ=255) gTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGGCTCCCACTCTACCCT‑TCTGCAAATTCGGACTATCGTCGGTTTGGCGGGAAGCCTTTTTATTATGCGCCCGCCGCTGGACATGccc > 1:515180/1‑250 (MQ=255) tCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGGGGTGCCGGGGTGGTTACTGCCGGGCCCGCGTGTCTACCTCTCTTCCTTTCCT‑AAAATAGGGACTATCGTTGGGCTTGCGGGAAGCATTTTTTTTATGCGCCcgccgccggccctgcccc > 2:286074/1‑239 (MQ=255) tCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTTCTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGAc < 1:187582/250‑1 (MQ=255) cTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGGGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCTGTCTGGCGGGAGACATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCCTGCCTTCGCTGACCa > 1:15358/1‑250 (MQ=255) 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tATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGc < 1:300483/250‑1 (MQ=255) gCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTTACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACATTTTGATTATGCGCCCGCCGCTGACCCTGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGG‑CCCGGGATGGGCCgg > 1:380367/1‑251 (MQ=255) aCCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCCGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGGAGAACTTTTGATTTTGCGCCCGGAGCTGACCCTGCCTGCGCCGACCAAAATTGTCGATGGCACTGG‑GCCGGTATggggccgtcacccgttccc > 2:572071/1‑234 (MQ=255) ccTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACATTTTGATTATGCGCCCGACGCGGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGG‑CCCGGTATGGACCGGTAACCTG‑TTCCCg < 1:330996/251‑1 (MQ=255) ggCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGG‑CCCGGTATGGACCGGTAACCTG‑TTCCCGTTcc < 2:99329/251‑1 (MQ=255) gCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGGAGACCTTTTTATTATTCGCCCGACGCTTACCCAGGCTGCGCTGACCAAATTTTTCGATGGCAATGG‑CCCGGTATGGGACGGGAAACTG‑TTCCCggttcc > 1:528079/1‑246 (MQ=255) cACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGG‑CCCGGTATGGACCGGTAACCTG‑TTCCCGTTCCTg < 1:484951/251‑1 (MQ=255) ttACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGCGCTGCCGGCGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTCCCCT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACATTTTGATTATGCGCCCGAAGCTGACCATGCCCGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCCCTGG‑CCCGGTGTGGACCGGTAACCTG‑TTCCCGTTCCTGTTTATCACCaacccc > 1:246498/1‑246 (MQ=255) aCCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGG‑CCCGGTATGGACCGGTAACCTG‑TTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCtg < 1:332926/251‑1 (MQ=255) 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gcggcgGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTAGCGTCGGTCTGGCGGTAGACAGTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGG‑CCCGGTATGGACCGGTAACCTG‑TTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCAc < 2:473345/251‑1 (MQ=255) ggcggTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGG‑CCCGGTATGGACCGGTAACCTG‑TTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGc > 1:382442/1‑251 (MQ=255) gcCGGTGTGTATACGGCTGGCCCCTCGTGACTTCCTCTCTACCTG‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGACATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTTCCCAAATTTGTCAATGGCACTGG‑CCCGGTATGGACCGGTAACCTG‑TTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCAGGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGc < 2:124069/251‑1 (MQ=255) 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GGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTT‑CCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGG‑CCCGGTATGGACCGGTAACCTG‑TTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCT > NC_000913/630538‑631029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |