| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 619,358 | G→A | D369N (GAT→AAT) | fepE → | polysaccharide co‑polymerase family protein FepE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 619,358 | 0 | G | A | 98.5% | 211.0 / NA | 67 | D369N (GAT→AAT) | fepE | polysaccharide co‑polymerase family protein FepE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (35/31); minor base C (1/0); total (36/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTCACTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAATCAGTTCAGCAGTGACAATCTCCTTCGGCGCTCCCTGAGCAACAATTTTCCCTTCCCGCAATGCAATCAAATGGCTGGCGTAACGACAGGCCTGATTAAGATCGTGCAGCACC > NC_000913/619114‑619603 | ggTCACTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGGGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGAATGcc > 1:468723/1‑250 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ggAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCACTTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATACAGAAAACAGAATGCCATGATGGACGACCACt > 1:229370/1‑251 (MQ=255) gAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGAATTCCATGATGGCAGACGGCTTAGtt < 2:327018/250‑1 (MQ=255) cGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGAATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAAc < 1:434464/251‑1 (MQ=255) 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cacaTGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAACAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGGGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGAATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTTAAGGTTCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAgcggc > 2:495509/1‑251 (MQ=255) gTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGAATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTcc < 2:294540/251‑1 (MQ=255) gTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGAATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTcc < 1:563743/251‑1 (MQ=255) 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gCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATGCAGAAAACAGAATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTGAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCGCAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGGCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCGCAATCAGTTCAGCAGTGACAATCTCCTTCGGCGCTGCCTGAGCAGCAATTTGCCCTTCCCGCAATGCAAGCAAAGGGCTGGCg < 1:276630/251‑1 (MQ=255) gCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGAATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAATCAGTTCAGCAGTGACAATCTCCTTCGGCGCTCCCTGAGCAACAATTTTCCCTTCCCGCAATGCAATCAAATGGCTGGCg < 1:102005/251‑1 (MQ=255) aTGCGATGGCATCCAGAAAACAGAATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAATCAGTTCAGCAGTGACAATCTCCTTCGGCGCTCCCTGAGCAACAATTTTCCCTTCCCGCAATGCAATCAAATGGCTGGCGTAACGACAGGCCt < 1:175336/249‑1 (MQ=255) tGCGATGGCATCCAGACAACAGAATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAATCAGTTCAGCAGTGACAATCTCCTTCGGCGCTCCCTGAGCAACAATTTTCCCTTCCCGCAATGCAATCAAATGGCTGGCGTAACGACAGGCCTGAt > 1:464725/1‑251 (MQ=255) ccAGAAAACAGAATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAATCAGTTCAGCAGTGACAATCTCCTTCGGCGCTCCCTGAGCAACAATTTTCCCTTCCCGCAATGCAATCAAATGGCTGGCGTAACGACAGGCCTGATTAAGATCGTgc > 1:24355/1‑251 (MQ=255) aGAAAACAGAATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAATCAGTTCAGCAGTGACAATCTCCTTCGGCGCTCCCTGAGCAACAATTTTCCCTTCCCGCAATGCAATCAAATGGCTGGCGTAACGACAGGCCTGATTAAGATCGTgcag < 2:174767/251‑1 (MQ=255) gAAAACAGAATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAATCAGTTCAGCAGTGACAATCTCCTTCGGCGCTCCCTGAGCAACAATTTTCCCTTCCCGCAATGCAATCAAATGGCTGGCGTAACGACAGGCCTGATTAAGATCGTgcagc < 1:61763/251‑1 (MQ=255) aaCAGAATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAATCAGTTCAGCAGTGACAATCTCCTTCGGCGCTCCCTGAGCAACAATTTTCCCTTCCCGCAATGCAATCAAATGGCTGGCGTAACGACAGGCCTGATTAAGATCGTGCAGCAcc < 1:59157/251‑1 (MQ=255) aaCAGAATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAATCAGTTCAGCAGTGACAATCTCCTTCGGCGCTCCCTGAGCAACAATTTTCCCTTCCCGCAATGCAATCAAATGGCTGGCGTAACGACAGGCCTGATTAAGATCGTGCAGCAcc > 1:515189/1‑251 (MQ=255) | GGTCACTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAGCGGCACCACAAGCGGCGTTCCGGCAACTGGATCGTCAATGATCATGCAGCGCAGACCATAAATGCGCTCAATCAGTTCAGCAGTGACAATCTCCTTCGGCGCTCCCTGAGCAACAATTTTCCCTTCCCGCAATGCAATCAAATGGCTGGCGTAACGACAGGCCTGATTAAGATCGTGCAGCACC > NC_000913/619114‑619603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |