| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,368,641 | G→T | intergenic (‑314/‑23) | aspA ← / → fxsA | aspartate ammonia‑lyase/protein FxsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,368,641 | 0 | G | T | 97.7% | 160.8 / NA | 44 | intergenic (‑314/‑23) | aspA/fxsA | aspartate ammonia‑lyase/protein FxsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (20/23); total (20/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CGATTATCCCCTGCATCGACCGAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGATGATT > NC_000913/4368407‑4368882 | cgaTTATCCCCTGCATCGACCGAATACCCGAGATCATCTGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATCGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCTGCTGCTATTACAgg > 1:45215/1‑249 (MQ=255) aTTATCCCCTGCATCGACCGAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCTGCTGCTATTACAGgaga > 1:455629/1‑250 (MQ=255) cTGCATCGACCGAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCTGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTgc > 1:271015/1‑251 (MQ=255) gCATCGACCGAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCTGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTgc < 2:573147/249‑1 (MQ=255) 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gtgAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCTGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGc > 1:27145/1‑251 (MQ=255) aaTAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAAGAGTTGCGCAAACAGCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCTGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTGCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCGTGGATTGGGGGTATTGCTGTCCCTCGTGCTGGt < 2:252335/251‑1 (MQ=255) tAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAACTAGATGCGCAAAAAACTTGAAATTTTGCTAATGACAACAATATACGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCTGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACACTCGTGCTGGtt > 1:525027/1‑250 (MQ=255) 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CGATTATCCCCTGCATCGACCGAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCAATCTTTATTCAGGTTGCCCATGTATTGGGGGTATTGCTGACCCTCGTGCTGGTTATATTCACGTCAGTTATCGGTATGTCACTGGTACGTAACCAGGGCTTTAAGAATTTCGTGCTGATGCAGCAAAAAATGGCGGCGGGTGAAAACCCAGCGGCGGAGATGATT > NC_000913/4368407‑4368882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |