| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 53.3% | 7.0 / 14.9 | 15 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative tricarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/0); new base C (2/6); total (9/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.15e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGG‑AACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCG‑GTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCATTGTGTTACCGATCATC > NC_000913/801891‑802357 | aTAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGG‑AACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCG‑GTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTAc > 2:115615/1‑251 (MQ=255) aaGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGG‑AACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCG‑GTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctg > 1:303365/1‑251 (MQ=255) gATATTAGCGATCCCATGTTTTATTGTTTTGATCCCACCCCCGGCAGTATTAAGCAACCTGGGGTGGGTGTTTTTTGTTATTGCCCGGTCGGCTTTTGTGGGGCTGTTTATCAAGCTTTCCCCGG‑AACGTTTGGTACTGTTAATGGCGGTTGTTGCCTCATTGGTGGTG‑TGGTGTAACTTCCCCGACGTTGCTTTGAAACCCTCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtc < 1:155202/250‑1 (MQ=255) ttttATGCCAGCTCCGGCAGGCTTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGG‑AACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCG‑GTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCAtttt > 2:121365/1‑250 (MQ=255) caagcaccGGCAGGCTTTAGCGAACTTGCGTGCGTGATTTTTGGTATTTGCCTGGCGGACATAGCGAGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGG‑ACCCTGTAGTTCTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGACG‑GTAACTTATCTGACGGTGCGTTACAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGGTTACCTTAAGCCCCGCATTTGTGaccac > 2:157959/7‑251 (MQ=255) cgggCAGGATAAAGCGATCTGGTGTGGGTGTTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTCCCCGG‑AACCTGTCGTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAAGGGTGGTGGTCG‑ATAACTTACCCGCCGGTGTGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGttt < 2:70122/249‑1 (MQ=255) gggCAGGATTAAGAGAATGGGGGTGGGTGTTTTTGGGTTTTTCCCGGGCGGCCTTGGGGGGGCTGGTTA‑CAAAGCTTTCCCGGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCGGTTGCTGCCAAAAGGGGGGTGTTGG‑GTAATTTACCCGACGGTGGGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTa < 2:67211/250‑1 (MQ=255) gtctgtttttCAAGCCTTTCCCGG‑AACTTGTCGTACTTTTATTTGCCTTGGCTGCCTAAATGGTGGTGGTCG‑GTAACTTATCCGAGGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGctgggtctgggt < 1:80315/242‑1 (MQ=255) aCTGTTAATTGCCGTGGCAGCCTCAATCGGGGTGGTCG‑GTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAAACACAGCCGCATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGAGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCGCTCTGCTGATTGGTAAAATAGGAAACACCACGCTGGGTCTGGGCCACGTTACTGTATTACTCGATCTGGTACTGCCTc > 2:361964/1‑251 (MQ=255) tggtggtCG‑GTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTgcg > 2:113340/1‑251 (MQ=255) gtcgttactttacccGACGGTGCGTTAAAACCCTCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTgcgggcgg < 1:242587/238‑1 (MQ=255) tAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGcc > 1:243998/1‑133 (MQ=255) aaCTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCATtgt > 2:137758/1‑251 (MQ=255) ttaaccggcggtggttttAAACCCGCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCATTgtgt < 2:211454/235‑1 (MQ=255) tGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCATTGTGTTACCGatcatc > 2:328012/1‑250 (MQ=255) | ATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGG‑AACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCG‑GTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCATTGTGTTACCGATCATC > NC_000913/801891‑802357 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |