| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,738,377 | C→T | H178H (CAC→CAT) | purR → | DNA‑binding transcriptional repressor PurR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,738,377 | 0 | C | T | 96.2% | 163.1 / ‑2.0 | 52 | H178H (CAC→CAT) | purR | DNA‑binding transcriptional repressor PurR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (25/25); total (26/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 | |||||||||||
GGAACAATCTTGAGAAACAGCGGGCTTATCTGTCGATGATGGCGCAAAAACGCGTCGATGGTCTGCTGGTGATGTGTTCTGAGTACCCAGAGCCGTTGCTGGCGATGCTGGAAGAGTATCGCCATATCCCAATGGTGGTCATGGACTGGGGTGAAGCAAAAGCTGACTTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGG > NC_000913/1738136‑1738601 | ggAACAATCTTGAGAAACAGCGGGCTTATCTGGCGATGATGGCGCAAAAACGCGTCGATGGTCTGCTGGTGATGTGTTCTGAGTACCCAGAGCCGTTGCTGGCGATGCTGGAAGAGTATCGCCATATCCCAATGGTGGTCATGGACTGGGGTGAAGCAAAAGCTGACTTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCATCGCGAAATc < 1:383262/251‑1 (MQ=255) aaagcgtgggaAACAGCGGGTTTTTAGGTCGATGATGGCGCAAAAACGCGTCGATGGTCGGCTGGTGATGTGTTCTGAGTACCCAGAGCCGTTGCTGGCGATGCTGGAAGAGTATCGCCATATCCCAATTGTGGTCATGGACTGGGGTGAAGCAAAAGCTGACTTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGGTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCATCGCGAAATCGGCg < 2:297813/242‑1 (MQ=255) aTCTTGAGAAACAGCGGGCTTATCTGTCGATGATGGCGCAAAAACGCGTCGATGGTCTGCTGGTGATGTGTTCTGAGTACCCAGAGCCGTTGCTGGCGATGCTGGAAGAGTATCGCCATATCCCAATGGTGGTCATGGACTGGGGTGAAGCAAAAGCTGACTTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCATCGCGAAATCGGCGTc > 1:56365/1‑251 (MQ=255) ggaAACCGCGGGCTTATCTGTCGATGATGGCGCAAAAACGCGTCGATGGTCTGCTGGTGATGTGTTCTGAGTACCCAGAGCCGTTGCTGGCGATGCTGGAAGAGTATCGCCATATCCCAATGGTGGTCATGGACTGGGGTGAAGCAAAAGCTGACTTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCATCGCGAAATCGGCGTCATcccc < 2:456547/250‑1 (MQ=255) 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gTGAAGCAAAAGCTGACTGCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATGGAACGCGGTCATCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATgcag < 2:518654/251‑1 (MQ=255) aaaaGCTGACTTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCATCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGCACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGACCAAGGCGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGCACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATcc > 2:195792/1‑251 (MQ=255) gACTTCCCCGATGCGGTCATTGATAACGCGTGCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCATCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCa < 2:426509/251‑1 (MQ=255) 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cATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCATCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCCTGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGGGGCGTTATCATgg > 2:431559/1‑251 (MQ=255) gggCGTTATCTGATTGAACGCGGTCATCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATggg > 1:140160/1‑251 (MQ=255) gggCGTTATCGGATTGAACGCGGTCATCGCGAAAGCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATggg < 2:260699/251‑1 (MQ=255) | GGAACAATCTTGAGAAACAGCGGGCTTATCTGTCGATGATGGCGCAAAAACGCGTCGATGGTCTGCTGGTGATGTGTTCTGAGTACCCAGAGCCGTTGCTGGCGATGCTGGAAGAGTATCGCCATATCCCAATGGTGGTCATGGACTGGGGTGAAGCAAAAGCTGACTTCACCGATGCGGTCATTGATAACGCGTTCGAAGGCGGCTACATGGCCGGGCGTTATCTGATTGAACGCGGTCACCGCGAAATCGGCGTCATCCCCGGCCCGCTGGAACGTAACACCGGCGCAGGCCGCCTTGCCGGTTTTATGAAGGCGATGGAAGAAGCGATGATCAAGGTGCCGGAAAGCTGGATTGTGCAGGGTGACTTTGAACCTGAATCCGGTTATCGCGCCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATATCATGGCAATGGG > NC_000913/1738136‑1738601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |