| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,696,909 | G→A | G151E (GGA→GAA) | bcsE → | c‑di‑GMP‑binding protein BcsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,696,909 | 0 | G | A | 95.2% | 138.5 / ‑1.1 | 42 | G151E (GGA→GAA) | bcsE | c‑di‑GMP‑binding protein BcsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (22/18); total (24/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.85e-01 | |||||||||||
AATTAGATGATTCTCAAGGGCCGGAAAAAATAAAATTATTTTCAATGCTAAATCATGAAAAAGGTCTATACTATTTGACCCGTGATTTGCAGTGTTCTATTGATCCCCATAATTACCTTTTTATTCTTGTTTGCGCAAATAACGCATGGCAAAACATTCCTGCCGAGCGGCTTCGCTCATGGTTGGATAAAATGAATAAATGGAGCAGGTTAAACCATTGTTCGCTTTTGGTAATTAATCCCGGAAATAATAACGATAAACAATTTTCATTGTTGCTTGAGGAATACCGTTCACTTTTTGGTCTTGCCAGTTTGCGTTTTCAGGGTGACCAACATTTGCTGGATATTGCCTTCTGGTGCAACGAAAAAGGGGTCAGCGCCCGTCAGCAGCTTAGCGTTCAGCAACAAAATGGTATCTGGACATTAGTTCAAAGCGAAGAGGCGGAGATCCAACCACGCAGCGACGAAAAACGCATTCTGAGT > NC_000913/3696666‑3697147 | aaTTAGATGATTCTCAAGGGCCGGAAAAAATAAAATTATTTTCAATGCTAAATCATGAAAAAGGTCTATACTATTTGACCCGTGATTTGCAGTGTTCTATTGATCCCCATAATTACCTTTTTATTCTTGTTTGCGCAAATAACGCATGGCAAAACATTCCTGCCGAGCGGCTTCGCTCATGGTTGGATAAAATGAATAAATGGAGCAGGTTAAACCATTGTTCGCTTTTGGTAATTAATCCCGAAaataat > 1:158751/1‑251 (MQ=255) 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AATTAGATGATTCTCAAGGGCCGGAAAAAATAAAATTATTTTCAATGCTAAATCATGAAAAAGGTCTATACTATTTGACCCGTGATTTGCAGTGTTCTATTGATCCCCATAATTACCTTTTTATTCTTGTTTGCGCAAATAACGCATGGCAAAACATTCCTGCCGAGCGGCTTCGCTCATGGTTGGATAAAATGAATAAATGGAGCAGGTTAAACCATTGTTCGCTTTTGGTAATTAATCCCGGAAATAATAACGATAAACAATTTTCATTGTTGCTTGAGGAATACCGTTCACTTTTTGGTCTTGCCAGTTTGCGTTTTCAGGGTGACCAACATTTGCTGGATATTGCCTTCTGGTGCAACGAAAAAGGGGTCAGCGCCCGTCAGCAGCTTAGCGTTCAGCAACAAAATGGTATCTGGACATTAGTTCAAAGCGAAGAGGCGGAGATCCAACCACGCAGCGACGAAAAACGCATTCTGAGT > NC_000913/3696666‑3697147 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |