| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,543,877 | G→A | P237P (CCG→CCA) | rpnA → | recombination‑promoting nuclease RpnA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,543,877 | 0 | G | A | 89.8% | 136.1 / 7.7 | 49 | P237P (CCG→CCA) | rpnA | recombination‑promoting nuclease RpnA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/3); new base A (20/24); total (22/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
GATGTCACCGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTGCAGACATCATGCGCTTTACCGGGCTGTCAGAAGAAGAGTTGGCTGCGGCGAGTCAGTAAAGTTCTGTCTCGCCATTTCAAAAGCCACCTACACCCTCTGCTTCAACGCCACCAGCAGGTGACAAAACTCGGCCGGA > NC_000913/3543638‑3544122 | gatGTCACCGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCAACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGga < 1:148705/251‑1 (MQ=255) ccGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAAACACAAGGAGAGttt > 1:242396/1‑250 (MQ=255) cATGCCTTGTGATGAAATCATGGAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGTAGTTAATTCAAAAACATATTCGGCAACGCGACCTGAATGGGATGGTAGAGCAAATTTCCCGCTTATTAAGTAGTGGGTACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGTCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTCTACGTTATAACTATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAATTACAAGGAGAGTTTAATgt < 2:50604/251‑2 (MQ=255) gatgatgaAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACAGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGTCGTTGCCGAACGTTCACCAAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTg < 1:373142/250‑1 (MQ=255) 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gTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATTCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTGCAGACATCATGCGCTTTACCGGGCTGTCAGAAGAAGAGTTGGCTGCGGCGAGTCAGTAAAGTTCTGTCTCGCCATTTCAAAAGCCACCTACAccc < 2:28379/249‑1 (MQ=255) gTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCTCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTGCAGACATCATGCGCTTTACCGGGCTGTCAGAAGAAGAGTTGGCTGCGGCGAGTCAGTAAAGTTCTGTCTCGCCATTTCAAAAGCCACCTACAccc < 2:487287/249‑1 (MQ=255) gTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCAAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTGCAGACATCATGCGCTTTACCGGGCTGTCAGAAGAAGAGTTGGCTGCGGCGAGTCAGTAAAGTTCTGTCTCGCCATTTCAAAAGCCACCTACACCct < 1:532761/250‑1 (MQ=255) 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GATGTCACCGTCATGCCTGATGATGAAATCATGCAGCACCGACGTATGGCGCTGCTGGAGTTAATTCAAAAACATATTCGTCAACGCGACCTGATGGGGCTGGTAGAGCAAATGGCCTGCTTATTAAGTAGTGGATACGCTAATGACAGACAAATCAAAGGGCTGTTTAATTACATACTGCAAACTGGCGACGCTGTACGTTTTAACGATTTTATCGACGGCGTTGCCGAACGTTCACCGAAACACAAGGAGAGTTTAATGACTATTGCGGAAAGATTGCGGCAGGAGGGGGAACAATCCAAAGCCCTGCATATAGCCAAAATAATGCTTGAATCCGGAGTTCCTCTTGCAGACATCATGCGCTTTACCGGGCTGTCAGAAGAAGAGTTGGCTGCGGCGAGTCAGTAAAGTTCTGTCTCGCCATTTCAAAAGCCACCTACACCCTCTGCTTCAACGCCACCAGCAGGTGACAAAACTCGGCCGGA > NC_000913/3543638‑3544122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |