| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 89,754 | T→C | Y41H (TAT→CAT) | mraZ → | DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 89,754 | 0 | T | C | 98.2% | 182.7 / ‑4.1 | 54 | Y41H (TAT→CAT) | mraZ | DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (30/23); total (31/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.75e-01 | |||||||||||
CCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCAGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCC‑GTTATCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTTATCACCCGTGCCTGCTGCTTTACCCCCTGCCTGAATGGGAAATTATCGAGCAAAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACATGCCGGGCTG‑ACAAAAGAAGTGATGCTGGTTGGACAGTTCAACAAGTTTGAGCTGTGGGATGAA > NC_000913/89509‑89999 | ccGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCC‑GTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATCAc > 1:484140/1‑251 (MQ=255) gTAAACATCGTGTTGTTTACCTCGGTAGGCCTTGGGACTGGCTTGCTAAGCGTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCGTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGTAAAGTGCGCTTATCAGGGCCTACCC‑GTTTCCGGGAACAGCTGTTTGAGAACGCCGCAGGTCAAAGGGTTTGCACCATTGACATTCATAAccc < 2:31424/251‑1 (MQ=255) gTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCAACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGTGCCTACCC‑GTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATCAccc < 1:525989/251‑1 (MQ=255) aCATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACAAGCTTTTCCTCCGCTCCGTAAACTCCTTTCAGTGGGAAATTGTGGGGCAAAGTGGGAATAAGGGGTGAGGCTGGCATGTTCCGGGGAGCCACGTTAGTCAATCTCGACAGCAAAGGGCGCTTATCAGGGCCTACCC‑GTTACCGGGAACAGCTGCTTGAGAACGCTGCCGGTCAAATGGTTTGCACCATTGACATTCATccaccgttc > 2:316991/1‑243 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |