| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 62,379 | Δ25,896 bp | [rapA]–[cra] | 25 genes [rapA], polB, araD, araA, araB, araC, yabI, thiQ, thiP, thiB, sroA, sgrR, sgrS, sgrT, setA, leuD, leuC, leuB, leuA, leuL, leuO, yabR, ilvI, ilvH, [cra] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 62379 | 88274 | 25896 | 95 [1] | [0] 95 | [rapA]–[cra] | [rapA],polB,araD,araA,araB,araC,yabI,thiQ,thiP,thiB,sroA,sgrR,sgrS,sgrT,setA,leuD,leuC,leuB,leuA,leuL,leuO,yabR,ilvI,ilvH,[cra] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 62378 | 1 (0.020) | 94 (1.650) | 80/490 | 0.0 | 99.5% | coding (887/2907 nt) | rapA | RNA polymerase‑binding ATPase and RNAP recycling factor |
| ? | NC_000913 | 88275 = | 0 (0.000) | coding (248/1005 nt) | cra | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra | |||||
TTGTGAAACTGGATGAAATCGCTCGGCTGGCGGGAGTGTCGCGGACCACTGCAAGCTATGTTATTAACGGCAAAGCGAAGCAATACCGTGTGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCACACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCAGAAGATCAGCCAGACAACGAAATGCGGTGCATTGAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGAT > NC_000913/88026‑88525 | cgccgatcatctcgccgagcatgttcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaccgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaaagcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgattt > 2:572859‑M2/250‑251 (MQ=255) gccgatcatctcgccgagcatgttcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTg < 2:573486‑M2/3‑1 (MQ=255) cgatcatctcgccgagcatgttcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGa > 2:568967‑M2/247‑250 (MQ=255) tcatctcgccgagcatgttcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGc > 1:342899‑M2/244‑251 (MQ=255) cgccgagcatgttcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCa < 1:1085‑M2/10‑1 (MQ=255) cgagcatgttcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCgg < 2:324249‑M2/17‑1 (MQ=255) atgttcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCggcaccg > 2:475015‑M2/230‑248 (MQ=255) atgttcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACg > 1:218292‑M2/230‑251 (MQ=255) gttcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcacccggacgataatttttatgcacttcaacgaactgcgcaaaatagtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccctcaccagctgttccggggtcgcggtcagaagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACggg > 1:537887‑M2/228‑251 (MQ=255) ttcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggacacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACgggg > 1:516821‑M2/227‑251 (MQ=255) tcagttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGt > 1:397945‑M2/226‑251 (MQ=255) cagttcatcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGTCGCGGCATCGGGGtt < 1:444048‑M2/27‑1 (MQ=255) caggtcgtcattgcccagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggtgcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGt < 2:72240‑M2/26‑1 (MQ=255) agttcgtcattgctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGtt > 1:315892‑M2/224‑250 (MQ=255) ttgctcaggttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagccgacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTTAACGCCCGGCGCGGCAACGGGGTTCTCAAatgct > 2:499676‑M2/215‑251 (MQ=255) gctcagtttgttccctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGa < 2:451559‑M2/39‑1 (MQ=255) ctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGggttatcaaaaatcgg > 2:307078‑M2/212‑243 (MQ=255) ctcagtttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCaa < 1:307078‑M2/32‑1 (MQ=255) ttgttacctgccagcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTTAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTg > 2:451615‑M2/206‑251 (MQ=255) gccagcagcatggtaacggcggccgcaaccggacgataatttttctgctctgcaacgaactgcgcaaaatcgtgtaaacggtgcgggtccagcagacgcagacgggcgaagttgctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCagaaga < 2:499022‑M2/55‑1 (MQ=255) gcagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCAGAAGATCAg < 1:139037‑M2/59‑1 (MQ=255) cagcatggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCAGAAGATCAGc < 2:431091‑M2/60‑1 (MQ=255) catggcaacggcggccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaacggcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCAGAAGATCAGCCAg < 2:477506‑M2/63‑1 (MQ=255) atggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGTACGCCAGGCGAGGCAACGGGGTTCTCAACTACGGATTGCCTGCTCAGCAGAACagcccg > 2:397088‑M2/188‑248 (MQ=255) atggcaacggcgtccgcaaacggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcacaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttaaatggcctgatTTTAACCCCAGGCGCGGCAACGGGGGTATCAACAGCTGATTGCCTGCTACGAAGATCAGcc > 2:410410‑M2/188‑248 (MQ=255) tggcaacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaactaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCAGCAGAtccgcccaac > 2:61921‑M2/187‑247 (MQ=255) aacggcgtccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCAGAAGATCAGCCAGACAACg < 1:512199‑M2/69‑1 (MQ=255) aacggcggccgcaaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgtgccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCAGAAGATCAGCCAGACAACg < 2:55556‑M2/69‑1 (MQ=255) 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caaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGATCAGAAGATCAGCCACACAACGAAATGCGGTGc > 1:126414‑M2/172‑251 (MQ=255) caaccggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacgattcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTTACCGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTTCTTTCCTTCTCAGAAGATCACCCCAACAACGAAATTCGGTGc > 2:559912‑M2/172‑251 (MQ=255) ggacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCAGAAGATCAGCCAGACAACGAAATGCGGTGCATTg > 1:488269‑M2/167‑250 (MQ=255) gacgataatttttctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCAGAAGATCAGCCAGACAACGAAATGCGGTGc > 1:235603‑M2/166‑245 (MQ=255) gacgataatttttctgctcttcaacgaacagcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccatccccagctgttccgggggcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCAGAAGATCAGCCAGACAACGAAATGCGGTGc < 2:235603‑M2/80‑1 (MQ=255) tctgctcttcaacgaactgcgcaaaatcgtggaaacggttcgggtccagcagacgcagacgggcgaagtggctttccagccccagctgttccggggtcgcggtcagcagcagaacgcccggcacgtgctctgccagttgttcaatggcctgatTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTATCAACTGCTGATTGCCTGCTCAGAAGATCAGCCAGACAACGAAATGCGGTGCATTGAGCACCTTTTACa < 2:521502‑M2/97‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |