| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,819,269 | T→C | N60S (AAC→AGC) | chbR ← | ChbR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,819,269 | 0 | T | C | 95.0% | 55.7 / NA | 20 | N60S (AAC→AGC) | chbR | ChbR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (12/7); minor base A (1/0); total (13/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGTTTCGCGGAAATTCAATGAAGAAATCACTGTTTCCACATAGGTGAGAAAAGCGTTATTGGTCCGGTATACCTGCGAAGCGACAAAGCAATAAGGCAACAATGGCAGGTAATGCTGCTCAAAAAAGCGTTTACTGATCCCAACGTTCAATATGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGTTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATG > NC_000913/1819024‑1819515 | cTGTTTCGCGGAAATTCAATGAAGAAATCACTGTTTCCACATAGGTGAGAAAAGCGTTATTGGTCCGGTATACCTGCGAAGCGACAAAGCAATAAGGCAACAATGGCAGGTAATGCTGCTCAAAAA‑GCGTTTACTGATCCCAACGTTCAATATGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAAtct > 2:166456/1‑251 (MQ=255) cGACAAAGCAATAAGGCAACAATGGCAGGTAATGCTGCTCAAAAAAGCGTTTACTGATCCCAACGTTCAATATGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGATGATACTCTCAGTTTTg > 2:160164/1‑251 (MQ=255) gCAATAAGGCAACAATGGCAGGTAATGCTGCTCAAAAA‑GCGTTTACTGATCCCAACGTTCAATATGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGAt < 1:166456/251‑1 (MQ=255) aacaaTGGCAGGTAATGCTGCTCAAAAAAGCGTTTACTGATCCCAACGTTCAATATGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATActct < 1:272125/226‑1 (MQ=255) aacaaTGGCAGGTAATGCTGATCAAAAAAGCGTTTACTGATCCCAACGTTCAATATGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGAGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGCTACTCTCAGTTTTGTTATAGATCAACACATg > 1:31187/1‑251 (MQ=255) aacaaTGGCAGGTAAAGCTGCTAAAAAAAGCGTTTACTGATCCCAACGTTCAATATGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATActct > 2:272125/1‑226 (MQ=255) gctgctCAAAAAAGCGTTTACTGATCCCAACGTTCAATATGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAAGAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCAtt < 1:288017/250‑1 (MQ=255) tCAAAAAAGCGTTTACTGATCCCCACGTTCAATATGCACGTGGCACCAAACTCATAACAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAACTTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAaaca > 1:131592/1‑250 (MQ=255) aaaaaaGCGTTTACTGATCCCAACGTTCAATATGCGCGTGGCACCAAAATCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGACTAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAACTTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTCTAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAAct > 2:302413/1‑251 (MQ=255) tGATCCCAACGTTCAATATGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGc > 1:66381/1‑250 (MQ=255) ccAACGTTCAATATGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGc > 1:255087/1‑251 (MQ=255) tCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGTGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGcat > 2:226182/1‑251 (MQ=255) aaaaaCTTTGACGGTGCCAACCTCACCTAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATCCCAGAGTAAATTCATAATAGTCCTGCTGATGCAGTCCGTTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGCTAAACACATGGACGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGcatcat < 1:66287/250‑1 (MQ=255) 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cAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCaat < 2:66381/251‑1 (MQ=255) ccGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGCAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCAGGCAGTGGCAATTTCAGGCGCGTTAATCACTGACTGCATCCTCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAATCTCAATTCATTCAGt > 2:134664/1‑250 (MQ=255) aCCGCTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATg > 1:270065/1‑251 (MQ=255) | CTGTTTCGCGGAAATTCAATGAAGAAATCACTGTTTCCACATAGGTGAGAAAAGCGTTATTGGTCCGGTATACCTGCGAAGCGACAAAGCAATAAGGCAACAATGGCAGGTAATGCTGCTCAAAAAAGCGTTTACTGATCCCAACGTTCAATATGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGTTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATG > NC_000913/1819024‑1819515 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |