| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 175,520 | A→G | T138T (ACA→ACG) | clcA → | chloride:H(+) antiporter ClcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 175,520 | 0 | A | G | 90.0% | 42.5 / NA | 20 | T138T (ACA→ACG) | clcA | chloride:H(+) antiporter ClcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (5/13); minor base T (0/2); total (5/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGAACCAACGTATGGGGGCGCTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTG‑AAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAG > NC_000913/175286‑175755 | gCAGAACCAACGTATGGGGGCGCTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGTGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAGGCATgg < 1:253521/251‑1 (MQ=255) gggggCGCTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAg < 1:47699/251‑1 (MQ=255) cATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAgg < 2:41885/239‑1 (MQ=255) cATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAgg > 1:41885/1‑239 (MQ=255) gTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTTGCCGTATgg > 1:24831/1‑251 (MQ=255) ttAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAgg > 1:34777/1‑191 (MQ=255) ttAACCGTCGCTTTTCTCTGGTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGGGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGGGAAGTTCTTTGGCTGGCTGGGGACGCTCGGCGGAgg < 2:34777/191‑1 (MQ=255) gTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCGTGATATTGTCCGCCTG‑AAAGGTGa < 2:160599/251‑1 (MQ=255) aTGTTTGGCTACTGTTTGGTGCGCAAAGACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGAGCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCGCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATGGGCCGTATGGTGCTTGAGATTTTCCGCCTG‑AAAGGTGACGAAGCTCg < 2:24831/251‑1 (MQ=255) gcgcAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAGGCATTGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCATATCGGCGGTAACATGGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTG‑AAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAAcc < 1:205766/250‑1 (MQ=255) gAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTCACATTTGCCGGCTGGTGCTTGTTCTTTTCTCCCTG‑TAAGGGGGCGGAGCTCGCCAAACGCTGCTCGCGACCGGTGCGGCTGCGGggct > 2:245913/1‑251 (MQ=255) cGGGGATCCCGGAAGGTGAAGGGAGGTTGGAAGATTAACGTCCCGTGTGCTGGTGTCGTGTATTGCCGTTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACTGGCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGTCGCGAAGGGGCTATCGGGCAGTTTGGCGGTAAGATTTTCCTTATGGTGGTTGTTATTTTGCGC‑TGTAAAGGTGTCGTTGTTCGTCATACGCTTCTTGCATCCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCtt < 1:134755/250‑1 (MQ=255) ggATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTG‑AAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAAc < 1:199425/251‑1 (MQ=255) aaaTTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTG‑AAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTg < 1:135783/251‑1 (MQ=255) gggCGCTGGAAGCTCAACGTCCGGTTCGCTGGTGGCTGGTAGTGCCGGTGAAGTTCTGTGGGGGGGTGGGGACGCGCGGCGGAGGTATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAATCGTGGAGATGGTCGTTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATGTTCCGCCTG‑AAGGGTGACGAAGCTCGCCATACGCGGCTGTCAGCCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCTCCGCTGGGGTGTAtt < 2:111088/251‑1 (MQ=255) aGATCAACTTCCTGTTCGCGGGAGGCTTGTATTGCCGGTTAGGTACTTTGGCGGGCGGGGGACTCTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCTTGCAGATCGGCGGTAACATTGTCCGGATGGTTCTTGATATTTTCCGCCTG‑AAATGTGACGAAGCTCTCCATTCGCTGCTGGCAACCTGTGCTGCTTCGGGGTTTTCTGCGGCCGTTAACGCTCCGCTGGCGGGTACTTTCTgtatta < 2:107645/251‑1 (MQ=255) gTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACAATTGCCCTATGGGGCTTGATATTTTTCCCCTG‑AAAGGGGGAGAAACTCCCCATACGCTGCTGGCCAACGGGGCTGCTGCGGGGCTGGGTGCGGCCTTTAACGCGCCGCCGGCggggactttttttttttttgaga > 1:196660/1‑229 (MQ=255) gTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTG‑AAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAAt < 1:169555/251‑1 (MQ=255) ttGGCGGGCTGGGGACGCTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTG‑AAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTa < 1:252374/249‑1 (MQ=255) ggcgggcgTGGGACGCTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAATGTCCAACCGGGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATTGTGCGTGTGATTTTCCGCCTG‑AAAGGTGACGAATCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGTTGGTGCGGGGTTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGGGGGTATTTGGTTTATTATGTAAGAGAGGTGTCCGTAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAg < 1:147175/250‑1 (MQ=255) | GCAGAACCAACGTATGGGGGCGCTGGTACATACTGCTGATAATTATCCGCTTCTGTTAACCGTCGCTTTTCTCTGTTCGGCGGTGCTGGCGATGTTTGGCTACTTTTTGGTGCGCAAATACGCGCCGGAAGCAGGTGGTTCGGGGATCCCGGAAATTGAAGGGGCGCTGGAAGATCAACGTCCCGTTCGCTGGTGGCGTGTATTGCCGGTGAAGTTCTTTGGCGGGCTGGGGACACTCGGCGGAGGCATGGTGTTGGGGCGCGAAGGGCCAACCGTGCAGATCGGCGGTAACATTGGCCGTATGGTGCTTGATATTTTCCGCCTG‑AAAGGTGACGAAGCTCGCCATACGCTGCTGGCAACCGGTGCTGCTGCGGGGCTGGCTGCGGCCTTTAACGCGCCGCTGGCGGGTATTTTGTTTATTATCGAAGAGATGCGTCCGCAGTTTCGCTATACGTTAATTTCGATTAAAG > NC_000913/175286‑175755 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |