| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 868,422 | (C)8→7 | coding (903/1872 nt) | gsiA → | glutathione ABC transporter ATP binding subunit GsiA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 868,422 | 0 | C | . | 96.0% | 99.4 / ‑3.7 | 25 | coding (903/1872 nt) | gsiA | glutathione ABC transporter ATP binding subunit GsiA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base . (10/14); total (11/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
GGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGT‑GATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCGGTAAATCCACTACCGGGCGGGCGTTGCTGCGCCTGGTCGAATCGCAGGGCGGCGAAATTATCT > NC_000913/868207‑868666 | ggCGGGGTGGCAGAAATTGCCGATCGGGTA‑TGGTTGATTAATAAGGGCGAGGCGTTGAAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGAAACATCCT‑ACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGTGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGttt < 1:252247/251‑1 (MQ=255) gCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGT‑GATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGTGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATAGCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGttt < 1:151043/251‑1 (MQ=255) gCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGT‑GATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACCCCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTg < 1:165968/251‑1 (MQ=255) gTACTGGT‑GATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTAACGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGGAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGGGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGt > 1:95886/1‑251 (MQ=255) ggT‑GATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCCAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAATGCGGAACCTTGTCCCCCGGTTccc > 2:258183/1‑251 (MQ=255) ggCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAAACTCCTGACGCCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCTCTTCCCTTTGCGCAGCGGTgtgtt < 2:65/251‑1 (MQ=255) aaaCGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATcgcg > 2:275034/1‑251 (MQ=255) aaCAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGc > 1:175859/1‑251 (MQ=255) tCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTg < 1:54914/250‑1 (MQ=255) gctgTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATc < 1:171136/250‑1 (MQ=255) tGGTGCGATTAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCTCTTGAACATCCATCGAAACAGGTCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGGTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACTCGGTTCCCTTTGCTCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTTATAAAGTCAGTTGTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAg < 1:314449/249‑1 (MQ=255) cGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAGTCTGGc > 2:96994/1‑250 (MQ=255) tAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑AGCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAAcg < 1:297760/160‑1 (MQ=255) tAGATTATCCCCGACGTTTACCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAACCAGGCCCCACCC‑TCGAGCAGAAAACGATGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTAACCAGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTCAcg > 2:297760/1‑160 (MQ=255) aGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCGGTAAATCCAc < 1:258183/251‑1 (MQ=255) cccGACGTTTCCCGTTGATAGCGCTAGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAACCGGTGGTGGATGGCGAATCTGTTTTACGAGTGCGTAATCCTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGTTGGGCGAGTCTTGCAGCGGTAAATccccttcctggc < 2:31508/251‑11 (MQ=255) gTTTCCAGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCAGTTGGGAACGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGGGTCTGGCAGCGGTAAATCCACTCCCGGGCGGGCGt > 2:199224/1‑251 (MQ=255) cccGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACACGCCCCCCC‑ATCGAGCAGATACCGGTGGGTTAGGGCGGACCGGGGTTGCAGGTGGGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAGTCGCGGAACGAGGGAAGTGCCTGCCGTAGAGAAAGTCAGTTTTAAGCTCTGGCCTGTCGAATCGCTATCGCTGGTGGGCAAGACTGGCAGGGGTAAACCCTCTCCCGTGCGGGCGTtgct < 2:229706/251‑1 (MQ=255) gTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGACTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCGGTAAATCCACTACcgggcgg > 1:148081/1‑240 (MQ=255) gTTGATATCCCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCTAAACGCGAGCGCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCTGTAAATCCACTACcgggcgg < 2:148081/240‑1 (MQ=255) tatCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTTGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGGAAGTCAGTTTTGATCTCTTGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCTGTAAATCCACTACCGGGCGGGCGTTGCTGCGCCTgg > 2:147123/1‑251 (MQ=255) gAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCGGTAAATCCACTACCGGGCGGGCGTTGCTGCGCCTGGTCGAATc < 1:96994/250‑1 (MQ=255) ccatcGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTGGTCCCCCGTTTCCCTTTGCGCATCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGGTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTTGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCGGTAAATCCACTACCGGGCGGGCGTTGCTGCGCCTGGTCGAATCGCAgcgc < 2:95886/247‑4 (MQ=255) cAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGCTGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCGGTAAATCCACTACCGGGCGGGCGTTGCTGCGCCTGGTCGAATCGCAGggcg > 1:293799/1‑251 (MQ=255) cAGCGAAACAGGCCCCCCC‑ATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCGGTAAATCCACTACCGGGCGGGCGTTGCTGCGCCTGGTCGAATCGCAGggcg > 1:14748/1‑251 (MQ=255) cccccccATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCGGTAAATCCACTACCGGGCGGGCGTTGCTGCGCCTGGTCGAATCGCAGGGCGGCGAAATTATCt < 1:275034/251‑1 (MQ=255) | GGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGT‑GATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCGGTAAATCCACTACCGGGCGGGCGTTGCTGCGCCTGGTCGAATCGCAGGGCGGCGAAATTATCT > NC_000913/868207‑868666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |