| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,428,107 | C→T | G207D (GGT→GAT) | insH5 ← | IS5 family transposase and trans‑activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,428,107 | 0 | C | T | 96.0% | 125.3 / NA | 51 | G207D (GGT→GAT) | insH5 | IS5 family transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (27/21); minor base G (0/2); total (28/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTG > NC_000913/1427869‑1428352 | gAACTGCCGCTTGATGATGCGCAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCCTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTCCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGAGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACCTCAACCTCGGCCAGCTACTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCTGCATCGGCTGAGACCAATTGCTCCTCTCCATGAAGAAGATTACCCCGCTGGTTgg > 2:538755/1‑250 (MQ=17) cggttGATGATGCGAATCGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCGTTCATGTAGTCGATGGTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCTGATTCTGCTCCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCAGGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGTGGTCATg < 1:306035/248‑1 (MQ=14) atgatgCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATGCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATGATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGtt < 1:140742/251‑1 (MQ=255) gatgCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGGTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTgg > 1:226611/1‑251 (MQ=255) gAAACGGGTGCTCCACCCTGGCTCGCATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTAATGGCTGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCcgcg < 2:33404/251‑1 (MQ=255) aaaCGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCgg > 1:371252/1‑251 (MQ=255) aCGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCggtg < 1:368395/251‑1 (MQ=255) 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tGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTAGTTGGACGCGGTGGCGACCAGGATGTGGGTCCGGCAACGCTTGGAATCGACACCAAtg > 2:102405/1‑251 (MQ=14) gCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCtt > 2:25281/1‑251 (MQ=255) tttGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGATTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAATCCACATCCACCTCGGCCAGCCCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAACAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGCCCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCAACGACAACAATGTAGGCCTTCATGc > 2:294727/1‑251 (MQ=14) 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> 2:169949/1‑210 (MQ=38) cAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCCTGCCAAAGTGCCACTGCTTGCCTTTCt > 2:268771/1‑251 (MQ=255) cAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGAGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGCCACCACTGTGGGCCTTCATGCCAAAGGACCACTGATTGCCTTTCt > 2:529620/1‑251 (MQ=255) aGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAGGTGCCACTGATTGCCTTTCTTg > 2:52235/1‑251 (MQ=37) 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cGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTtgc > 1:14363/1‑251 (MQ=18) aGCCAGTCCACATCCCCCTCAGCCAGCTGCTCGCGCTGTAGCGCGACTTGGCAGCCGGCGTCGGATGAAACAAATGGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGAGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGACCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGAGCCTTCATGCCAACGGGACACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTACGGATCGCGTTGCGGctc > 1:235787/1‑251 (MQ=11) cACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGGGCCACTGCTTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGt > 2:384080/1‑249 (MQ=18) 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(MQ=38) aTGAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGgccagcc < 1:25281/251‑1 (MQ=38) gAAGCAGATTATCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGgccagcc > 1:478577/1‑249 (MQ=38) gATTATCCAGCTGATTGAGGGCATGATTGTTGGGCGCGGTGGTGACCAGGCGGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGAGATTg < 1:63769/251‑1 (MQ=11) | GAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTG > NC_000913/1427869‑1428352 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |