| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 88,571 | G→A | V182M (GTG→ATG) | cra → | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 88,571 | 0 | G | A | 97.0% | 204.8 / ‑5.2 | 68 | V182M (GTG→ATG) | cra | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (39/26); total (42/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
AGAAGATCAGCCAGACAACGAAATGCGGTGCATTGAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATG‑CCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGGTGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCC‑TGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGAAAAATGGCTGGAAACGCATCCGATGCCGCAGGCGCTGTTCACAAC‑GTCGTTTGCGTTGTTGCAAGGAGTGATGGATGTCACGCTGCGTCGCGACGGCA > NC_000913/88324‑88814 | agaagaTCAGCCAGACAACGAAATGCGGTGCATTGAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATG‑CCGAAATGCTGACGGTAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGTGACGCTGc > 2:137410/1‑251 (MQ=255) tCAGCCAGACAACGAAATGCGGTGCATTGAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATG‑CCGAAATGCTGGCGGCAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATc > 1:88578/1‑251 (MQ=255) gCCAGGCAACGAAATGCGGTGCGTTGAGCCCTTTTTACAGCGTCGGGGTGATGTCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTAACAACGCTGGGCTAACGACCCGTCCCCGTTTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCCCCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATG‑CCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGAAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTg < 1:10318/251‑1 (MQ=255) ccAGACAACGAAATGCGGTGCATTGAGCGACTTTTACAGCGTCAGGTTGCTGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATG‑CCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTgg > 1:196916/1‑251 (MQ=255) cAGACAACGAAATGCGGTGCATTGAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATG‑CCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGt > 1:203932/1‑251 (MQ=255) aaGACAACGAAAGGGGGTGCATTGAGCACCTTTTACAGCTGCAGTTTTATGCCTTTATTGTGTCGGCGGCGTTGCCTCCTGAGCATCTTTTTTCTCACCGCGGGGCAACCGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCGGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGGGGTTGGTGCCGATCAGGATGAGG‑CCGAAATGCGGGCGGAAGAGTTAGGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGt < 2:199662/250‑1 (MQ=255) aaaCGAAATGCGGTGCATTGAGCACCTTTTCCAGCGTCAGGTTGATGCCTTTATTGTTTCGACGTCGTTGCCCCCTGAGCATCCTTTTTACCACCGCGGGGCTAACGACCCGTCCCCGATTGTCGCGCTGTACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCCCCAGCGGGGTTGGTGCCGATCAGGATGATG‑CCGAAATGTTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTgcgc < 1:139688/250‑1 (MQ=255) 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gAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATG‑CCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTc > 1:300928/1‑249 (MQ=255) ccctttttACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGCGGTCTTTGCCTCCTGAGCACCCTTTTTATCACCGCTGGGCTAACGCCCCGTTCCCGTTTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATG‑CCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAATTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCtt < 1:426041/247‑1 (MQ=255) tttACAGCGTCAGTTTGATGCCATTTTTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTACCGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCCCCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATG‑CCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCt < 1:438080/249‑1 (MQ=255) 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tCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGATGGAACGCGTCATCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGATGCCGATCAGGATGATG‑CCGAAATGCAGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTTCGCTACCGGAGCTTTCTGGCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTTCCTGGGAAgc > 1:76133/1‑250 (MQ=255) gACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATG‑CCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGCGCCGATGCTTTATCTTGGCGCGCTACCAGAGCTTTCTGTCAGCGTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTTCCTGGAAAgctg > 2:112112/1‑248 (MQ=255) ctttccctcctGAGCTCCCTTTTTACCACCGCTGGGCTAACTCCCCGTTCCCGTTTGTCCCGCGGCCCCGCGCCCTCGATCGTAACCCCTTCCCCAGCGTGTTTGGTGCCGATCAGGTTGATG‑CCAAAATCCTGGCGGAAGATTTACTTAAGTTCCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATc < 1:253526/244‑1 (MQ=255) 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gtctCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCC‑TGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGAAAAATGGCTGGAAACGCATCCGATGCCGCAGGCGCTGTTCACAAC‑GTCGTTTGCGTTGTTGCAAGGAGTGATGGATGTCACGCTGCGTc < 2:154429/248‑1 (MQ=255) ccgccgAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTTCCGGATCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCC‑TGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGAAAAATGGCTGGAAACGCATCCGATGCCGCAGGCGCTGTTCACAAC‑GTCGTTTGCGTTGTTGCAAGGAGTGATGGATGTCACGCTGCGTCGCGAc < 1:24672/251‑1 (MQ=255) cgccgAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGCGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCC‑TGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGAAAAATGGCTGGAAACGCATCCGATGCCGCAGGCGCTGTTCACAAC‑GTCGTTTGAGTTGTTGCAAGGAGTGGTGGATGTCACGCTGCGGCGCGACg > 2:371097/1‑251 (MQ=255) gccgAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCC‑TGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCa > 1:342156/1‑146 (MQ=255) cgAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCC‑TGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGAAAAATGGCTGGAAACGCATCCGATGCCGCAGGCGCTGTTCACAAC‑GTCGTTTGCGTTGTTGCAAGGAGTGATGGATGTCACGCTGCGTCGCGACGGc > 1:211489/1‑250 (MQ=255) agaCGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCCGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCC‑TGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGAAAAATGGCTGGAAACGCATCCGATGCCGCAGGCGCTGTTCACAAC‑GTCGTTTGCGTTGTTGCAAGGAGTGGTGGATGTCACGCTGCGTCGCGACGGcg > 2:520322/1‑248 (MQ=255) agaCGATGCGTTATCTTGGTGCGCGACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCC‑TGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGAAAAATGGCTGGAAACGCATCCGATGCCGCAGGCGCTGTTCACAAC‑GTCGTTTGCGTTGTTGCAAGGAGTGATGGATGTCACGCTGCGTCGCGACgg < 1:520322/247‑1 (MQ=255) | AGAAGATCAGCCAGACAACGAAATGCGGTGCATTGAGCACCTTTTACAGCGTCAGGTTGATGCCATTATTGTTTCGACGTCGTTGCCTCCTGAGCATCCTTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATG‑CCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGGTGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCC‑TGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGAAAAATGGCTGGAAACGCATCCGATGCCGCAGGCGCTGTTCACAAC‑GTCGTTTGCGTTGTTGCAAGGAGTGATGGATGTCACGCTGCGTCGCGACGGCA > NC_000913/88324‑88814 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |