| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,541,261 | C→T | A102V (GCT→GTT) | fimB → | Type 1 fimbriae regulatory protein FimB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,541,261 | 0 | C | T | 96.9% | 102.8 / NA | 32 | A102V (GCT→GTT) | fimB | Type 1 fimbriae regulatory protein FimB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (20/11); minor base G (0/1); total (20/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGCCTCATGCAGCACGTAATTATTGTCTGACTTTGCTTTGTTTTATTCATGGTTTCCGGGCGAGTGAAATTTGTCGATTGAGGATTTCGGATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATA‑TATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGCTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCGTGTGGTTTTGCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCGACTTATCCAGGATTATCTTGGGCATCGCAATATTCGTCATACTGTCTGGTATACCGCCAGCAATGCAGGGCGTTT > NC_000913/4541038‑4541507 | gggCCTCATGCAGCACGTAATTATTGTCTGACTTTGCTTTGTTTTATTCATGGTTTCCGGGCGAGTGAAATTTGTCGATTGAGGATTTCGGATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATA‑TATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGTTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACg < 1:392758/251‑1 (MQ=255) 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GGGCCTCATGCAGCACGTAATTATTGTCTGACTTTGCTTTGTTTTATTCATGGTTTCCGGGCGAGTGAAATTTGTCGATTGAGGATTTCGGATATTGATCTTAAGGCAAAGTGTATATA‑TATCCATCGATTAAAAAAAGGCTTTTCAACAACGCACCCGCTATTGAATAAAGAAGTTCAGGCTTTAAAAAACTGGTTGAGTATCCGTACTTCGTACCCGCATGCTGAGAGCGAGTGGGTATTTTTATCACGTAAGGGGAATCCGCTTTCTCGGCAACAGTTTTACCATATTATCTCGACTTCCGGTGGTAATGCCGGGTTGTCACTGGAGATTCATCCGCACATGTTACGCCATTCGTGTGGTTTTGCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCGACTTATCCAGGATTATCTTGGGCATCGCAATATTCGTCATACTGTCTGGTATACCGCCAGCAATGCAGGGCGTTT > NC_000913/4541038‑4541507 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |