| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,517,355 | C→T | Q121Q (CAG→CAA) | fecR ← | ferric citrate regulator FecR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,517,355 | 0 | C | T | 95.7% | 217.0 / NA | 71 | Q121Q (CAG→CAA) | fecR | ferric citrate regulator FecR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (26/40); minor base G (0/3); total (28/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCCACAGCGTGCTGCTGCACGTCAAGCTGCGTGAAATTATCCTGCTGGCGGACGGTAAATTCTGTCCCTAAAGCAGTGAGCTGGCCCTGACGGGTCAGGACACGGAAGGGGCGTTGCAGGGCATCTTTCGCGGTAGTAATGGCGATTTCACCGTACCAGAGCCGGACGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGCTGACGGCTGACTGTGCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAG‑CAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTG > NC_000913/4517110‑4517594 | tCCACAGCGTGCTGCTGCACGTCAAGCTGCGTGAAATTATCCTGCTGGCGGACGGTAAATTCTGTCCCTAAAGCAGTGAGCTGGCCCTGACGGGTCAGGACACGGAAGGGGCGTTGCAGGGCATCTTTCGCGGTAGTAATGGCGATTTCACCGTACCAGAGCCGGACGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGTTGACg > 1:17894/1‑251 (MQ=255) acaGCGTGCTGCTGCACGTCAAGCTGCGTGAAATTATCCTGCTGGCGGACGGTAAATTCTGTCCCTAAAGCAGTGAGCTGGCCCTGACGGGTCAGGACACGGAAGGGGCGTTGCAGGGCATCTTTCGCGGTAGTAATGGCGATTTCACCGTACCAGAGCCGGACGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGTTGACGGCt > 1:378734/1‑251 (MQ=255) acaGCGTGCTGCTGCACGTCAAGCTGCGTGAAATTATCCTGCTGGCGGACGGTAAATTCTGTCCCTAAAGCAGTGAGCTGGCCCTGACGGGTCAGGACACGGAAGGGGCGTTGCAGGGCATCTTTCGCGGTAGTAATGGCGATTTCACCGTACCAGAGCCGGACGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGTTGACGGCt < 1:192465/251‑1 (MQ=255) caGCGTGCTGCTGCACGACAAGCTGCGTGAAATTATCCTGCTGGCGGACGGTACATTCTGTCCCTAAAGCAGTGAGCTGGCCCTGACGGGTCAGGACACGGAAGGGGCGTTGCAGAGCATCTTTCACGGTAGTAATGGCGATTTCACCGTACCAGTGCCGGACGGTGCGCTGATG‑CAGATCAAAACGCACAT‑CCGCCACGCCTTGGGTATTCC‑GCGTGTGCAGGGA‑GCCCTCTTCCTGTTTCTTACGGCTg > 2:526778/1‑251 (MQ=255) 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aaGCTGCGTGAACTTATCCTGCTGGCGGACGGGAAATTCTGTCACTAAAGCAGTGAGCTGGCCCTGACGGGTCAGGACACGGAAGGGGCGTTGAAGGGCATCTTTCGCGGTAGTAATGGCGATTTCACCGTACCAGAGCCGGAAGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAAACGACCAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGATGGCGGATGACAGTGCCTTTGgcggtgg > 2:330364/1‑250 (MQ=255) aaGCTGCGTGAAATTATCCTGCTGGCGGACGGTAAATTCTGTCCCTAAAGCAGTGAGCTGGCCCTGACGGGTCAGGACACGGAAGGGGCGTTGCAGGGCATCTTTCGCGGTAGTAATGGCGATTTCACCGTACCAGAGCCGGACGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGTTGACGGCTGACTGTGCCTTTGgtggtgc > 1:233803/1‑251 (MQ=255) gCTGCGTGAAATTATCCTGCTGGCGGACGGTAAATTCTGTCCCTAAAGCAGTGAGCTGGCCCTGACGGGTCAGGACACGGAAGGGGCGTTGCAGGGCATCTTTCGCGGTAGTAATGGCGATTTCACCGTACCAGAGCCGGACGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGTTGACGGCTGACTGTGCCTTTGgcggtgcgg < 1:13016/251‑1 (MQ=255) 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ggACGGTAAATTCTGTCCCTAAAGCAGTGAGCTGGCCCTGACGGGTCAGGACACGGAAGGGGCGTTGCAGGGCATCTTTCGCGGTAGTAATGGCGATTTCACCGTACCAGAGCCGGACGGTGCGCTGCTG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTTGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGC‑GCCCTCTTCCAGTTGTTGACGGCTGACTGTGCCTTTGGCGGTGGGGGAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCg > 2:322696/1‑251 (MQ=255) ggaaatgtCTGTCCCTAAAGCAGTGCGCTGGCCCCGACGGGCCAGGACACGGAAGGGTCGTTGCGGGGCATCTTCCGCGGTTGTAATGGCGATGCCCCCGTACCAGAGCCGGACGTTGCGCGAATG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGTTGACGGCTGACTGTGCCTTGGGTGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGttt < 2:233803/244‑1 (MQ=255) aaTTCTGTCCCTAACGCAGTGAGCTTGACCTGACGGGTCAGGACACGGAAGGGGCGTTGCAGGGCCTCTTTCGCGGTAGTAATGGCGATTTCAACGGACCACCGACGGACGGCGCGCAGGTG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGAATTCA‑CCTTGAGCAGGGACGCC‑TCGTCCCGGTGTTGACGGCTGACTGGGACTTTGGCGGTGCGGTGATCTGGCCTCAGACCATCGCCGGTTTCCgt > 2:270707/1‑250 (MQ=255) 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ccGTACCAGAGCCGGACGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGTTGACGGCTGACTGTGCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCCGCCCCGAGCCACCA‑CAGTAAACCTTTCATCCCGTGCCGGCGGGGGGGGCgggggtgtagggaatacc > 2:413897/1‑235 (MQ=255) ccGTACCAGAGCCGGACGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGTTGACGGCTGACTGTGCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAG‑CAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGt < 1:413897/236‑1 (MQ=255) aCCAGAGCCGGCCGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGAATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGTTGACGGCTGACTATGCCTTTGGCGGTGCGGGAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAACCTCCGCCAACCCCGAGCAACAGACAG‑AATCATTTCCTCACGTTACGGAGGGAGCGGCggggagtctgagaaccccacgac > 2:500226/1‑231 (MQ=255) gCCGGACGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGCGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGTTGACGGCTGACTGTGCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAG‑CAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACg < 1:432323/251‑1 (MQ=255) ccGGACGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAACCGCCCAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGTTGACGGCTGACTGTGCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAG‑CAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGt < 1:75723/251‑1 (MQ=255) cGGACGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGTTGACGGCTGACTGTGCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAG‑CAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTc < 1:276836/251‑1 (MQ=255) 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TCCACAGCGTGCTGCTGCACGTCAAGCTGCGTGAAATTATCCTGCTGGCGGACGGTAAATTCTGTCCCTAAAGCAGTGAGCTGGCCCTGACGGGTCAGGACACGGAAGGGGCGTTGCAGGGCATCTTTCGCGGTAGTAATGGCGATTTCACCGTACCAGAGCCGGACGGTGCGCTGATG‑CGCATCAAAACGCACAT‑CCGCCGCGCTTTGGGTATTCA‑GCGTGAGCAGGGA‑GCCATCTTCCAGTTGCTGACGGCTGACTGTGCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAG‑CAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTG > NC_000913/4517110‑4517594 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |