| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,487,022 | C→T | R269C (CGT→TGT) | lptF → | lipopolysaccharide transport system protein LptF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,487,022 | 0 | C | T | 95.5% | 315.8 / NA | 110 | R269C (CGT→TGT) | lptF | lipopolysaccharide transport system protein LptF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (50/55); minor base G (3/2); total (53/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GTGGTGGTGGCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCATTGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGT‑CACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGCGTATC‑AC‑GTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAAAGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGATGTGGACCGTTAACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCAACCTTTGGGACA > NC_000913/4486776‑4487265 | gtggtggtgGCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGCTTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGT‑CACCAGGCGGGTGCGCTCGACCCGAACGATACCAACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAAACCTGACACCGATCGTGCGCGCGCAGAACTGAACTGGGGTAt > 2:473505/1‑251 (MQ=255) gggtggCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCGCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGT‑CACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATC‑AC‑g < 1:503277/250‑1 (MQ=255) gtggCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGT‑CACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATC‑AC‑Gtt > 1:470739/1‑251 (MQ=255) ggCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGT‑CACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATC‑AC‑GTTgg > 1:514279/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |