| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,433,459 | C→T | G189D (GGC→GAC) | qorB ← | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,433,459 | 0 | C | T | 98.6% | 215.3 / NA | 71 | G189D (GGC→GAC) | qorB | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (54/16); total (54/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACC‑GCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCATATCCGCCAGTCCGTCGGGCAGTCCGACGCTTTTCAGTGCCGCGGCGAAATCGGCTTCGCTCAGATTTTGATAGGTAACCTGTTTGCCGCTCTGTTTGGTCAGCTCTGCCGCTAACTGTGTC‑AACGTCCAGG‑CACTATCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGCCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCCGTGTTCCAGTGCTGCCGGGGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTACCAGCCGTTGCGCAGCAGGGTGTAAACGATGCCAGAATCAGCCAGCATTTTCTCCGTCTCGATGTGCTCATCGGCGAGGCCGAGCGGGGAGGTATCTGCATG > NC_000913/4433215‑4433709 | tGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACC‑GCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCATATCCGCCAGTCCGTCGGGCAGTCCGACGCTTTTCAGTGCCGCGGCGAAATCGGCTTCGCTCAGATTTTGATAGGTAACCTGTTTGCCGCTCTGTTTGGTCAGCTCTGCCGCTAACTGTGTC‑AACGTCCAGG‑CACTATCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGTCTTCGt > 1:128111/1‑251 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aatcaatTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACC‑GCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCATATCCGCCAGTCCGTCGGGCAGTCCGACGCTTTTCAGTGCCGCGGCGAAATCGGCTTCGCTCAGATTTTGATAGGTAACCTGTTTGCCGCTCTGTTTGGTCAGCTCTGCCGCTAACTGTGTC‑AACGTCCAGG‑CACTATCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGCtt > 1:325481/1‑251 (MQ=255) aatcaatTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACC‑GCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCATATCCGCCAGTCCGTCGGGCAGTCCGACGCTTTTCAGTGCCGCGGCGAAATCGGCTTCGCTCAGATTTTGATAGGTAACCTGTTTGCCGCTCTGTTTGGCCAGCTCTGCCGCTAACTGTGTC‑AACGTCCAGT‑CACTATCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGcct > 2:282493/1‑249 (MQ=255) aatcaatTTGAAAAGTGTTTTGCTGTCATCAACCAGACC‑GCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCAGCCAGCATATCCGCCAGTCCGTCGGGCCGTCCGACGCTTTTCAGCGCCGCCGAGCAATCGGCTTCGCTCAGATTTTGATAGGTAACCTGTTTGCCGCCCTGTTTGGTCACCTCTGCGGCAAACTG‑GTCCAACGTCCCGG‑CACTATCGCCCGCCAGTTCGTAAACATTGTCTTCGAGAcagacgt > 2:470312/1‑245 (MQ=255) 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gCTAACTGTGTC‑AACGTCCAGT‑CACTATCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGTATTCGTGACCGGCTTCGCTAATCCCGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATCCCCCGTGTTCCCATGCTGCCGGGGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTCCCCGCCGTTGGGCAGCAGGGTGTGAACGCTGCCAGAATCAGCACGCAtttt > 2:330271/1‑251 (MQ=255) gCTAACTGTGTC‑AACGTCCAGG‑CACTATCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCCGAGTTCCAGTGCTGCCGGGGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTACCAGCCGTTGCGCACAAGGGTGTAAACGATGCCAGAATAAGCCCGAAtttt > 2:308705/1‑251 (MQ=255) tAACTGTGTC‑ACCGTCCAGG‑CACTACCGCCCGCCAGTTCGTAACCCTTGTCTTCGGGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCCGTGTTCCAGTGCTGCCGGGGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTAcc < 1:27864/200‑1 (MQ=255) tAACTGTGTC‑AACGTCCAGG‑CACTATCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCCGTGTTCCAGTGCTGCCGGGGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTACCAGCCGTTGCGCAGCAGGGTGTAAACGATGCCAGAATCAGCCAGCATTTtct > 2:221497/1‑251 (MQ=255) tAACTGTGTC‑AACGTCCAGG‑CACTATCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCCGTGGTCCAGTGCTGCCGGGGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTAcc > 2:27864/1‑200 (MQ=255) tgtgTC‑AACGTCCAGG‑CACTATCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCCGTGTTCCAGTGCTGCCGGGGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTACCAGCCGTTGCGCAGCAGGGTGTAAACGATg > 2:76763/1‑225 (MQ=255) tgtC‑AACGTCCACG‑CACTATCGCCCGCCCGTTCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTTCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCAGTGTTCCAGTGCTGCCGGGGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCTCTGCACCACCCGTTGCGTCGCAGGGTGTAAACGATGCCCGAACCAGCCAGACTTTTCTCCctct > 2:191498/1‑251 (MQ=255) c‑AACGTCCAGG‑CACTATCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATaa > 1:131162/1‑137 (MQ=255) aCGTCCAGG‑CACTATCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCCGTGTTCCAGTGCTGCCGGGGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTACCAGCCGTTGCGCAGCAGGGTGTAAACGATGCCAGAATCAGCCAGCATTTTCTCCGTCTCGAtg > 1:261040/1‑251 (MQ=255) aTCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGCTAAATCCGCCGTGTTCCAGTGCTGCCGGCGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTACCAGCCGTTTCGCAGCAGGGCGTAAAAGATGCCAGAATCAGCAAGCCTTTTTTCCGTCTGGATGTGCTCATCGGCg > 2:323488/1‑250 (MQ=255) aTCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCCGTGTTCCAGTGCTGCCGGGGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTCCCAGCCGTTGAGAAGCAGGGAGTAAACGGTGCAGGAATCAACCAGCATTTTCTCCGTCTCGAtgtgaccctcggcgg > 2:572015/1‑240 (MQ=255) gcccgccAGTTCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACTCGTGCC‑GCAGCTACCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCCGTGTTCCAGTGCTGCCGGGGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTACCAGCCGTTGCGCAGCAGGGTGTAAACGATGCCAGAATCAGCCAGCATTTTCTCCGTCTCGATGTGCTCATCGGCGAGGc > 1:69362/1‑251 (MQ=255) ccgccAGTTCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCCGTGTTCCAGTGCTGCCGGG‑CGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTACCAGCCGTTGCGCAGCAGGGTGTAAACGATGCCAGAATCAGCCAGCATTTTCTCCGTCTCGATGTGCTCATCGGCGAGGCCgg > 1:373868/1‑250 (MQ=255) ttCGTAAACCTTGTCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑TCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCCGTGTTCCAGTGCTGCAGGGGCGCTGGCGCGGTAGTTTTCGCTGTACCAGCCGTTGCGCAGCAGGGAGAAAACGATGCCAGAATCAGCCAGCACTTTCTCCGTCTCGTTGTGCTACTCGGCTAGGCCGAGCgggg > 2:434342/1‑251 (MQ=255) tggCCTTCGTGCCCGGCTACGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAACCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCTGCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCCGTGTTCCAGTGCTGCCGGGGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTACCAGCCGTTGCGCAGCAGGGTGTAAACGATGCCAGAATCAGCCAGCATTTTCTCCGTCTCGATGTGCTCATCGGCGAGGCCGAGCGGGGAGGTAt < 1:21859/245‑1 (MQ=255) ccTTCGTGTCCTCCTTCGCTAATCCCGC‑TGCCCGACGCTCCCGCAGAATCTGCCCTCGTTTCTGTGGCTTTTTTCCCATCGCCCGCCGCCCCGATAAATACGCCGTTTTCCAGTTCTGCCGGGGCGCTGGCGCGGTAGTTTGCGCTGTACCAGCCGTTGCGCAGCAGGGTGTAAACGATGCCATAATCAGCCAGCATTTTCTCCGTCTCGATGTTCTCATCGGCGAGGCCGATCGGGGAGGTATCTGCAtt < 1:394249/251‑2 (MQ=255) | TGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACC‑GCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCATATCCGCCAGTCCGTCGGGCAGTCCGACGCTTTTCAGTGCCGCGGCGAAATCGGCTTCGCTCAGATTTTGATAGGTAACCTGTTTGCCGCTCTGTTTGGTCAGCTCTGCCGCTAACTGTGTC‑AACGTCCAGG‑CACTATCGCCCGCCAGTTCGTAAACCTTGCCTTCGTGACCGGCTTCGCTAATCACGCGTGCC‑GCAGCTGCCGCATAATCTGCCCGCGTTGCTGAGGCGATTTTGCCATCGCCCGCCGCACCGATAAATACGCCGTGTTCCAGTGCTGCCGGGGCGCTGGCGAGGTAGTTTTCGCTGTACCAGCCGTTGCGCAGCAGGGTGTAAACGATGCCAGAATCAGCCAGCATTTTCTCCGTCTCGATGTGCTCATCGGCGAGGCCGAGCGGGGAGGTATCTGCATG > NC_000913/4433215‑4433709 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |