| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,380,469 | C→T | E17K (GAA→AAA) | frdB ← | fumarate reductase iron‑sulfur protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,380,469 | 0 | C | T | 98.9% | 295.6 / NA | 92 | E17K (GAA→AAA) | frdB | fumarate reductase iron‑sulfur protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (59/32); minor base G (0/1); total (59/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATACCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCAGTTTTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATAGCGCAC‑CACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAATCTTCACGTCGCTGTACTCCAGGCGAGTCGTG‑CCATCAGCATCGCGGAAGGCGAGGGTGTGTTTGAGGAAGTTGACGTCGTCACGCTCGGTGCAACCTTCGTCCAGA > NC_000913/4380227‑4380714 | gAAGTTAGCTAACGCTTCAACCTTCATCCCGTCGGTGTAATCACGCAGGAAGGTTTTACATGCCAGTTGTGGCACGTTGTTAACCATCATGCCGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTtat < 2:341054/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |