| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,271,130 | C→T | E914E (GAG→GAA) | uvrA ← | UvrABC excision nuclease subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,271,130 | 0 | C | T | 97.5% | 243.0 / NA | 79 | E914E (GAG→GAA) | uvrA | UvrABC excision nuclease subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (47/30); minor base G (0/2); total (47/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCACTGGAGCACCGTGTATCTCGACGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGAGGATCTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGACAGTTCACGCGCCAGCTTCACGCGCTGGGCTTCAC > NC_000913/4270884‑4271374 | cgcACTGGAGCACCGTGTATCTCGACGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGAGGATTTcgc > 1:117605/1‑251 (MQ=255) ggggtagcgtgtatcatcgcgtttCGCTGCCAGATTCTCAAATCTATATTCTGGGGGATGCGTTTTATCAGAAGGCGGGTAATTTACTGCCGGAAGAAAAGCGAAAATTGTTGGGGCAACTCTAAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGTCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAGGCGTGCCGTTGGTGATGCTTCGCACCCGGCGACGGGTTTTGGCGTCCCGGAGACGAGGTTTTCCCCGccac < 2:302763/229‑1 (MQ=255) ccGTGTATCTCGACGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGAGGATTTCGCCGCCACCACTgc > 1:456973/1‑251 (MQ=255) cGTGTATCTCGACGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGAGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGAGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATAGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTATGGCGTACCGGAGACGAGGCTTTCGCCGCCCCCACCgcc > 2:484480/1‑251 (MQ=255) ctcGACGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAACATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGGGTGATGCCTCGCACTCCGCAACGGTTTCTGGCGTCCCGGGGACGAGGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCt > 2:427291/1‑251 (MQ=255) tcGACGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGAGGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTg > 1:571174/1‑251 (MQ=255) tCGCTGCCAGATTCCCAAATCGATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGGAATTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTTCTGCGGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCCCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGAATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGAGGCTTCGCACTCCGCGACCGTTTCTGCCGTACCGGAGACGAGGAGTTCGCCGCCTCCACTGACGTCTTCTGGTTCCAg < 2:197546/250‑1 (MQ=255) 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1:400923/251‑1 (MQ=255) tACTGCCGGAAGAAAAACGAAAATTGCTGGAGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAATCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGCAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGAGGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCATAATGgtgt > 1:163680/1‑251 (MQ=255) cTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGAGGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTg > 1:569875/1‑251 (MQ=255) tcctgaagaaAAACCTAAATAACTGGGTCAGCTCTGAAAGTAAAAAGCCTCTCTGAAAGCGGCCTTACCTATTACAGTCTCTGCTTAAGTACGTGTGCCGGGTTAGATGCTCCGCACTCCGCGGCGGCTTCTGTCGTACCGGAGACGAGGATTTCGCCGCCATCACGGCCGCCTTCTGGTCCCAGTTCGACTATCCAGTGTGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCTATCACCACAATGgtttagc < 2:147604/246‑6 (MQ=255) 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aaaTTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGAGGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGttt < 1:150382/250‑1 (MQ=255) aaTTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGCCGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGAGGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGACGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCCATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAgatttt > 2:448609/1‑246 (MQ=255) ggcttgtccAACCCTGAAAGGAAAAGTCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCACCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGAGGATTTCGCCGCCGCCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCTAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCa < 1:266936/243‑1 (MQ=255) 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tcAGCATCGGCTTTAGGAAGCGTGCTGTGTGTGAGGTTTCTCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGAGGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCGTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGAACGCGCAGTTTATGCAGTGCGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGGGGTCGGCtc < 2:39438/249‑1 (MQ=255) cAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGAGGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCtcgt > 1:431279/1‑251 (MQ=255) cAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGAGGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAAGGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGGAGTGCAGACCGGGGGTCGGCtcgg > 2:43764/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |