| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,707,947 | C→A | intergenic (‑242/+669) | dppA ← / ← proK | dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein/tRNA‑Pro |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,707,947 | 0 | C | A | 97.6% | 129.6 / NA | 42 | intergenic (‑242/+669) | dppA/proK | dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein/tRNA‑Pro |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (18/23); total (19/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
TTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTG‑ACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCATGAACGCTAAAACGCACAGCGGAAAATGCCAGGGCCAGCCATAAGTAACGCAAAAAAAGATTTAAGCAAATATAAA > NC_000913/3707734‑3708190 | ttttAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTG‑ACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTgcagc > 1:6959/1‑251 (MQ=255) tAACCCTTTGCAGGGGGTTGGCGCTGCCTGAGCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGAACCTCCATAAAATGCACCTCGTG‑ACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTTAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGcagcag < 2:81372/250‑1 (MQ=255) aCCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTG‑ACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAACCTTCAAACAGCTATTTGcagcag > 1:561862/1‑248 (MQ=255) tGCAGTGGGTGGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTG‑ACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACGTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAAttt < 2:516382/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |