| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,518,501 | C→T | intergenic (‑15/+42) | aroB ← / ← aroK | 3‑dehydroquinate synthase/shikimate kinase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,518,501 | 0 | C | T | 94.9% | 171.1 / 1.5 | 59 | intergenic (‑15/+42) | aroB/aroK | 3‑dehydroquinate synthase/shikimate kinase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base T (28/28); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.83e-01 | |||||||||||
AGGCTTTTATACTGCTCGCCGTCAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTAACACCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGC‑TGGTTCATTAAACAAACCAGA‑TGCGATGGTAATTGGGTAACTAC‑GTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACCTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCTGGTTTGCAACCACTTTAGCGCTTTGATCATCAGTACGAATGGTCACGTCGGCAATCTCTTCATACAGCGGATTGCGTTCATTGGCCAACGCTTCCAGAACTTCACGCGGCGGTGTTTCAACGTGCAGCAACGGGCGTTTTTTATCACGCTGCGTGCGTGCAAGTTGCTTTTCGATG > NC_000913/3518254‑3518747 | aGGCTTTTATACTGCTCGCCGTCAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTAACACCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGC‑TGGTTCATTAAACAAACCAGA‑TGCGATGGTAATTGGGTAACTAC‑GTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTa < 1:153200/251‑1 (MQ=255) cTTTTATCCTGCTCGCCGTCAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTCACACCCGCCTGTTCACGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGCCCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGACGC‑TGGTTCATTAAACACACCAGA‑AGCGATGGTAATTGGGTAACTAC‑GTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGAAATCCACTTTAAtt > 2:563343/1‑251 (MQ=255) cTTTTATACTGCTCGCCGTCAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTAACACCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGC‑TGGTTCATTAAACAAACCAGA‑TGCGATGGTAATTGGGTAACTAC‑GTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAAtt > 1:213339/1‑251 (MQ=255) gcccGCCGTCAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTAACCCCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGC‑TGGTTCATTAAACAAACCAGA‑TGCGATGGTAATTGGGTAACTAC‑GTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCg < 1:444159/248‑1 (MQ=255) 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AGGCTTTTATACTGCTCGCCGTCAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTAACACCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGC‑TGGTTCATTAAACAAACCAGA‑TGCGATGGTAATTGGGTAACTAC‑GTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACCTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCTGGTTTGCAACCACTTTAGCGCTTTGATCATCAGTACGAATGGTCACGTCGGCAATCTCTTCATACAGCGGATTGCGTTCATTGGCCAACGCTTCCAGAACTTCACGCGGCGGTGTTTCAACGTGCAGCAACGGGCGTTTTTTATCACGCTGCGTGCGTGCAAGTTGCTTTTCGATG > NC_000913/3518254‑3518747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |