| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,329,743 | G→T | D261Y (GAT→TAT) | dacB → | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,329,743 | 0 | G | T | 96.4% | 173.6 / NA | 57 | D261Y (GAT→TAT) | dacB | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (24/30); total (25/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGG‑TGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACG‑AACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTG‑AAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCC‑GGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAA > NC_000913/3329500‑3329991 | aGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGG‑TGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGCGCCGCTCACGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCAAGCTATGCCGGTGCAATTCGGCAAGATGAGtt > 2:267383/1‑251 (MQ=255) cccAAAGCCTGTTGATATGGATTTTATACGCTTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTGCAGCCTGGTACGCTACCTCCCCCGTGGTTCTGCCAAAGCGAAATACTGCGAACTGGATGTGG‑TGCCTGGCGACCTGAACCTCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAAc < 2:400303/251‑1 (MQ=255) taaGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATAACCCCGCTTCGATGTTCGGCCAGTTACGCACCCTCCCACGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGAGG‑TGCCAGGCGACATGAACCGCTTTACGCGGACGGGATGCCTGCCACACAGTTCTGAGCCACCCCCGTTGGATTGTGCCGGGCAGGATGGAGACAGCAAGGCCCGTGCAGTTATGAAATATGAGTGACAACAgg > 2:136138/2‑251 (MQ=255) cTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGG‑TGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCCCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCCATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCgggg > 2:179731/1‑250 (MQ=255) tgTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTAACCCGTTACGGTGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGACCTGGATGTGG‑TGCCAGGCGTCCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGCTGCCTGACACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGTTGGTGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGACGGGTAt > 2:11981/2‑251 (MQ=255) gTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGG‑TGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATc < 1:148599/251‑1 (MQ=255) tatGGCTTTTATACGCGTGGCGTCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGG‑TGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGGATCACCt > 1:347907/1‑251 (MQ=255) tatGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGG‑AGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGCTGCCTGCCACAACGTTCTGCGACGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCGATTCCGGTGCAATTCTGAACTATGAGTTAAAACGGGCGGGGATTACCt > 2:12477/1‑251 (MQ=255) ttATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGG‑TGCCAGGCGACCTGCACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGAAACACCTgggtgggg > 2:439058/1‑245 (MQ=255) ataCGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCACCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGG‑TGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATCTGAGTTAAAACAGGCggtgatgcaccggcgcggaac > 2:205769/1‑232 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGG‑TGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGGATCCACTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCCGACTCAGGTTTACG‑AACCTGGa > 1:530011/1‑250 (MQ=255) gTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGG‑TGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAAAACTGCTGCGCCCGACTCAGGTTAACG‑AACCTGGaaagggagt > 1:568964/1‑244 (MQ=255) cTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGG‑TGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGCGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGAAGGATGGAGCAAGCTATGCCGGTGCATTTCTGAAATAAGAGTTAAAACAGGCGGGTAACACATGGCGCGGAACCCTGCTGCGCCCGACTCAGGGTAAcacacactgtcaagtaaatgccagat > 2:533814/1‑225 (MQ=255) 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aTGCCGGGTCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACG‑AACCTGGAACGGTAGTTGCCCGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTG‑AAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCC‑GGGTCGGACGCCGTGCGt < 2:332049/251‑1 (MQ=255) aaTTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACG‑AACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTG‑AAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCC‑GGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTgc < 1:180858/251‑1 (MQ=255) aTTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCCGACTCAGGTTAACG‑AACCTGGAACGGGAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCAAGATCTGCTTAAGATTATGCTG‑AAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCC‑GGGTCGGGCGCCGTGGGTCACATCCTgcg > 1:346373/1‑251 (MQ=255) tGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACG‑AACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTG‑AAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCC‑GGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTgcgc < 1:214720/248‑1 (MQ=255) tGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACG‑AACCTGGAACGGGAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTG‑AAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGGTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCCGGGTCGG‑CGCcgcgcggccgctcccgcgccac > 1:315065/1‑235 (MQ=255) gAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGATCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACG‑AACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTG‑AAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCC‑GGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCa < 1:323805/249‑1 (MQ=255) aaGAGGAGTTAAAACTGGCGGGGATCCCCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACG‑AACCTGGAACGGTAGTGGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTG‑AAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCC‑GGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCaa < 2:568964/251‑1 (MQ=255) | AGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGG‑TGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACG‑AACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTG‑AAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCC‑GGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAA > NC_000913/3329500‑3329991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |