| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,270,497 | C→T | noncoding (96/377 nt) | rnpB ← | RNase P catalytic RNA component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,270,497 | 0 | C | T | 97.3% | 106.6 / NA | 37 | noncoding (96/377 nt) | rnpB | RNase P catalytic RNA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (9/27); total (9/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATCTAGGCCAGCAATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGG‑GTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGG‑TTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCC‑GGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTC‑CCCCGAAG‑AGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGCCCCGCGGAATGCTTCGTCCAACGTACCTATGCTGGTCAATACGC > NC_000913/3270261‑3270743 | catCTAGGCCAGCAATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGG‑GTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGG‑TTTCCCCCCCAGGCGTTATCTGGCACCCTGccc < 1:387262/251‑1 (MQ=255) tCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGG‑GTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTTTACTGGTCGTGGGGTTTCCCCCCCAGGCGT‑ATTTGGCACCCCGCCCtcttgaggcccggcc > 1:138036/1‑237 (MQ=255) catgcggcCTACCCGGTGTT‑AGTTCGGGCCGTCCCTTATGATCCCCTATTGGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTCCCGTGCCCCGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCTCCCTTTCTCCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGTGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCTCTGGTCGTGGG‑TTTCCCCCCCAGGCGTTATCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCC‑GGACTTTcctcccctc < 2:138036/243‑1 (MQ=255) ccAGTCCGGGCCGTACCTTATTAACCCCTATTTGGCCTGGCTCCGGGTGGAGTTTACCTTGCCCCGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCGCCCTTTTACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCACCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGG‑TTTCCCCCCCAGGCTTTATCTGTCACCCTGCCCTATGGAGCCC‑GGACTTTCCGCCCCTCCGCCCTTCTC‑CCACGatga < 2:450998/249‑4 (MQ=255) 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gttgacttgggcGTGCG‑TTTCCCCCCCAGGCGTGTCCTGGCACCCTGCCCGAGGGAGCCC‑CGACTTGCCCCCCCTCCGCCCGTCTC‑CCCCGAAG‑AGGACGACGACGAAGCGTCGACTGTCTGGTCTGCGTCGGCGCGCAGTATAGAGGGGTTGCGCGCTCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGGGGCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATAGTGGCATAAGCCCCGCTGAATGCt < 2:526933/240‑1 (MQ=255) gTTGCACTGGTCGTGGG‑TTTCCCCCCCAGGCGTTATCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCC‑GGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTC‑CCCCGAAG‑AGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGCCCCGCGGAATGCt < 1:22886/251‑1 (MQ=255) gTGGG‑TTTCCCCCCCAGGCGTTATCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCC‑GGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTC‑CCCCGAAG‑AGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGGGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGCCCCGCGGAATGCTTCGTCCAACGt > 1:87042/1‑250 (MQ=255) 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aGGCGTTATCTGACACCATGCCCTATGGAGCCC‑GGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTC‑CCCCGAAG‑AGGACGACGACGCAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTCCCTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAACCCCCGCGGACTGCTTCGTCCAACGTACCTCTGCTGGTCAAt > 2:521098/1‑251 (MQ=255) gCGTTATCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCC‑GGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTC‑CCCCGAAG‑AGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGCCCCGCGGAATGCTTCGTCCAACGTACCTATGCTGGTCAATAc < 1:166101/251‑1 (MQ=255) gTTATCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCC‑GGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTC‑CCCCGAAG‑AGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGCCCCGCGGAATGCTTCGTCCAACGTACCTATGCTGGTCAATACGc < 1:293525/251‑1 (MQ=255) | CATCTAGGCCAGCAATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGG‑GTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGG‑TTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCC‑GGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTC‑CCCCGAAG‑AGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGCCCCGCGGAATGCTTCGTCCAACGTACCTATGCTGGTCAATACGC > NC_000913/3270261‑3270743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |