| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,240,423 | C→T | G160G (GGC→GGT) | sstT → | serine/threonine:Na(+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,240,423 | 0 | C | T | 97.9% | 141.4 / NA | 48 | G160G (GGC→GGT) | sstT | serine/threonine:Na(+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (28/18); minor base G (1/0); total (29/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
ATATCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGCTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGT > NC_000913/3240182‑3240661 | atatCCGCCCTTTTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTATTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTg < 2:222598/251‑1 (MQ=255) ccGCCCTATTTTGTTCCCCTATCTACGGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCGTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCCTCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCg < 2:508084/249‑1 (MQ=255) cTATTTTGGTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGCAAGGAAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTAGCACTGCGTCACGGt > 2:248879/1‑251 (MQ=255) tCCTCTATCTATTGGGCACCTTCTCTTCGTCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTACCCTTCTACCCTGCAGTTATCCCGGTGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCATCCCCATCGACGCGCTGCTGAAATGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTGCGCACTGCGTCACGGTAACGAGac < 2:450309/250‑1 (MQ=255) tCCTCTATCTACAGGGCACCTTATCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTACTGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGTCGCGCTGCTGGAAGGTAACTACATAGGGATTCTGGTCCTGGCGATGGGCCTCGGTTTCTCACTGCGTCACGGTAActggacc > 2:215994/1‑245 (MQ=255) ccTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGTCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCACATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGGGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGaccc > 2:361121/1‑250 (MQ=255) tatctaCTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGCGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGACAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGAccacca > 2:285772/1‑250 (MQ=255) 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gccgTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTgg > 2:134412/1‑251 (MQ=255) gtcagtcaTTGTCGAAGTGCTGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCCACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGCCCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCa > 2:567058/1‑250 (MQ=255) gtagggaTTGGCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAAGTAGCATGGTTGCCCACCCCATCGGCGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGAGTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGCTTCGCACTGCGTCCCGGTAACGATACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATCCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAac < 2:241718/245‑1 (MQ=255) gTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACACCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCCAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGGTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGttt > 1:220078/1‑251 (MQ=255) gTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCcac > 1:298684/1‑251 (MQ=255) tGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCcac > 1:432221/1‑250 (MQ=255) aGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAAct > 1:383282/1‑251 (MQ=255) aGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAAct > 1:213098/1‑251 (MQ=255) aTGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAActgct > 1:215643/1‑251 (MQ=255) gtCCAACACCATTGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGTCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTTGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCTACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTc < 1:229527/249‑1 (MQ=255) cGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGc < 1:87860/250‑1 (MQ=255) gACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTg < 1:285772/251‑1 (MQ=255) 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gTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGgcg < 1:262082/251‑1 (MQ=255) cTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCtgg > 1:520296/1‑251 (MQ=255) cTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGATAACGATATGTCGCATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTCCCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGc > 1:84305/1‑229 (MQ=255) 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ggTGTGGGCGAGCGGACTCGGTTTCGCTCTGTGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCGGGTGAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCAtt < 1:136345/249‑1 (MQ=255) gATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCtggtgtggt > 2:476721/1‑251 (MQ=255) | ATATCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGCTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGT > NC_000913/3240182‑3240661 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |