| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,137,543 | G→A | intergenic (‑300/‑359) | wza ← / → yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,137,543 | 0 | G | A | 95.5% | 62.4 / ‑4.7 | 22 | intergenic (‑300/‑359) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (10/11); total (11/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
GCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGGTCTTTCAGGCATCCAGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑GGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT > NC_000913/2137300‑2137764 | gCCATGCATATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAACTTTAACTGGCATCAGTCCTAACAAAATTGCTTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGGTCTTTCAGGCATCCAGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCACTACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACAt > 2:262292/1‑251 (MQ=255) gaaaaaaaaTTTAACGTGCATCAGTCCAAAAAAAATTGATTGCATCCGAAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGTTCTTACAGGAACCCAGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAat < 2:233901/233‑1 (MQ=255) gAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGGTCTTTCAGGCATCCAGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAat > 1:233901/1‑237 (MQ=255) aaTTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGGTCTTTCAGGCATCCAGACACGCTACCGCCCATGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTATTTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGCTGAGAAAGGGTTATTCCGGAAATTACCTTCCGAATATAAAGGT‑ACATTCTGGAAATTGAATATGTGCTTTCCATAAATGAAGGAGGATGTGTTACAGCTAACGGaaa > 2:3159/1‑249 (MQ=255) tcagccccAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGGTCTTTCAGGCATCCAGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCGTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCa < 1:389330/243‑1 (MQ=255) cATCCGCAGTCTATTGCCAGATTATTCCAGACTGGACTTTCGGTCATCCAGACACTCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTATTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAg < 1:395358/251‑1 (MQ=255) tCAGACTGGTCTTTCAGGCATCCAGACCCGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTAttt < 1:3159/250‑1 (MQ=255) acgggTCTTTCAGGCATCCAGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAg < 1:126817/248‑1 (MQ=255) acacGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTc < 1:391499/210‑1 (MQ=255) acacGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAAAATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTc > 2:391499/1‑210 (MQ=255) aCCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGt < 1:142601/251‑1 (MQ=255) gCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGaa > 1:260721/1‑161 (MQ=255) gCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGaa < 2:260721/161‑1 (MQ=255) cAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGa < 1:563711/251‑1 (MQ=255) ttCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAAATTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGACTATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCcac > 1:559941/1‑251 (MQ=255) cacaCCCTCTCAGCATGAAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTAAATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACAt < 1:297155/251‑1 (MQ=255) cccTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCg > 1:503951/1‑250 (MQ=255) cATGCAGACGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATATTGTCTCCACATGCGTTATTTCtt > 2:269747/1‑250 (MQ=255) tgatgaGGAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATGATGGAAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATACAGGAGGAAGTGTTACAACTAACGGAATAGCATGCAAGATAACCATTCGGAAATTGGCAATTTTTAATAATTATATTAAGAGTCTTTCAATATGGATTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAGTGtttt > 2:199450/1‑251 (MQ=255) gatgaGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtttt < 1:33841/250‑1 (MQ=255) ggTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGACATTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGTTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCAACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc > 2:408438/1‑251 (MQ=255) ttattaCGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑AGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAACTAATGTTTTATTATTACCACtt > 1:14985/1‑251 (MQ=255) | GCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGGTCTTTCAGGCATCCAGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAA‑GGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGATAACAATTCGGTAATTGGCTATTTTTAAGAATTATATTAAGTGTCATTCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT > NC_000913/2137300‑2137764 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |