| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,876,099 | C→T | L143L (CTG→TTG) | nimT → | 2‑nitroimidazole exporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,876,099 | 0 | C | T | 97.0% | 92.3 / ‑3.7 | 33 | L143L (CTG→TTG) | nimT | 2‑nitroimidazole exporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (12/20); total (13/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.36e-01 | |||||||||||
ACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAG‑TACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTC > NC_000913/1875870‑1876343 | cccTTTTGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTGTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTGTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTAGTATGTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTATTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCgg < 1:533676/250‑1 (MQ=255)cccTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGTAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGctg < 1:533673/250‑3 (MQ=255) ccTTTGGCTGCCCCGGGTGCGCGACGTTTTGTGATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTGTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACGTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGc < 2:294575/248‑1 (MQ=255) cTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTGCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGa < 1:187561/239‑1 (MQ=255) 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atatTCCTTGACACTGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAG‑TACCTAGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCAAATTGTTTCTTGGGATCAACt > 1:105596/1‑251 (MQ=255) tatTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATTCAAATTTGAG‑TACCTCCCGCGCCTTACCTAACCGGGGTATCTGGCGTTTACCGCTTGCCTGGCAGGCCACCTTGttttctggtgtcaactc > 2:3705/1‑237 (MQ=255) | ACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAG‑TACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTC > NC_000913/1875870‑1876343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |