| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,853,057 | C→T | G308D (GGC→GAC) | ydjE ← | putative transporter YdjE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,853,057 | 0 | C | T | 93.1% | 79.9 / NA | 30 | G308D (GGC→GAC) | ydjE | putative transporter YdjE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (14/13); minor base A (2/0); total (16/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGAACCGCGCAGGCGTAAATGCGTTGGCCAAAGCTCCGGGATATAAACCGCCGACGCGAAGCAAACATACATGTATAAAAAGAAGATCATCACCAGTCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCC‑TTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATACGAAGTAAGCGGGGGTAAACGAATACTCT > NC_000913/1852816‑1853297 | cGAACCGCGAAGGCGTAAATGCGTTGGCCAAAGCTCCGGGATATAAACCGCCGCAGCGAAGCAAACATACATGTATAAAAAGAAGATCATCACCAGTCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGCATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGAGAAGCCAAATAACAGACGAGGAAAATGCACAATAATTAATGCCGCAATATATATTCCTACCGGAGCGACAATCata > 2:387648/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |