| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,639,303 | T→C | C376R (TGC→CGC) | creD → | putative inner membrane protein CreD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,639,303 | 0 | T | C | 97.6% | 97.0 / NA | 42 | C376R (TGC→CGC) | creD | putative inner membrane protein CreD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (18/22); total (19/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.14e-01 | |||||||||||
CGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATACCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGATAATGAACGGTATTTATTTGCAAGCGGTATTGAAAGGTTGGTGC‑AACA‑GCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGACCCGTAATATCGACTGGTATGCGTTTTCACTGCCGAAAATGAAAGCCAGTAAAGAAGTTACAACGGACGATGAGTTACGTATCTGGAAATAAGGTTGAAAAATAA > NC_000913/4639057‑4639543 | cGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGGGC‑a > 1:629753/1‑250 (MQ=255) 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gTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGC‑AACA‑GCATGTTGTTTTCCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGGTGGTGTGATGTGGGGGCTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGGACCCGTGTGCTGGTGGGGGCGCTGGCCGGCATGgtgt > 1:274055/1‑251 (MQ=255) gtATTTGCTCTTGCTGTCGCTTTCTGAACATATCGGTTTGACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGC‑AACA‑GCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGttt < 2:595851/249‑1 (MQ=255) tagtcaatcGGTTTTTCCGTGGTATGGTTGATCGCCATGCTGATTGGGGCGTTAACTATCGGTTTTTATTTGCAGTCGGTATTGAAACGCTG‑TGCCAACA‑GCATGTTGGTTTCCCTCGCTGTGTTGTTGCTGGATGGTGTTATGTGGTGACTGCTCATCTCGGCCGATAGCGTGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGTCATGATGTTTGTGACTCGGAATATCGACTGGTATg < 2:203731/242‑1 (MQ=255) 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CGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATACCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGATAATGAACGGTATTTATTTGCAAGCGGTATTGAAAGGTTGGTGC‑AACA‑GCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTGATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGACCCGTAATATCGACTGGTATGCGTTTTCACTGCCGAAAATGAAAGCCAGTAAAGAAGTTACAACGGACGATGAGTTACGTATCTGGAAATAAGGTTGAAAAATAA > NC_000913/4639057‑4639543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |