| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,637,151 | A→G | A152A (GCA→GCG) | creC → | sensory histidine kinase CreC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,637,151 | 0 | A | G | 98.6% | 216.3 / ‑4.8 | 70 | A152A (GCA→GCG) | creC | sensory histidine kinase CreC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (36/32); total (37/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
TAATCAGCTACAACATCGCCCGTTTCGCGCCAATATCGGTGGCATTAACAAAGTGCGCAATGAATAT‑CATGTCTATATGACCGATGCGCAGGGCAAAGTATTGTTCGATTCGGCAAATAAAGCCGTTGGACAGGATTATTCGCGCTGGAATGACGTCTGGCTAACGTTGCGTGGTCAGTATGGTGCGCGCAGCACGTTGCAAAATCCTGCCGATCCCGAAAGTTCTGTGATGTATGTTGCCGCACCGATTATGGACGGCTCGCGGCTTATTGGCGTTTTGAGCGTAGGCAAACCGAACGCGGCGATGG‑CTCCGGTCATTAAGCGTAGCGAGCGGCGAATTTTATGGGCCAGCGCCATTTTGTTGGGGATTGCACTGGTGATTGGCGCAGGCATGGTTTGGTGGATCAACCGCTCTATTGCCCGGCTCACTCGCTATGCTGATTCCGTCACTGACAATAAGCCCGTTCCTCTCCCCG > NC_000913/4636908‑4637383 | tAATCCGCTACAACATATCCCGTTTCGCGCCAATATCGGTGGTATTAACAAAGTTCGCATTGA‑TATTCATGTCTATATGACCGATTCGCAGGGTAAAGTATTGTTCGATTCGGCAAATAAAGCCGTTGGGCAGGATTATTCGCGCTGGAATCACGTCTGCCTAACGTTGCGTGGTCAGTATGTTGCGCGCAGCACGTTGCAAAATCCTGCCGATCCCGAAAGCCCGGTGATGTATGTTGCCGCTCCGAtt < 2:97660/250‑1 (MQ=255)tAATCAGCTACAACATCGCCCGTTTCGCGCCACTATCGGTGGCATTAACAAAGTGCGCAATGAATAT‑CATGTCTATATGACCGATTCGCAGGGTAAAGTATTGTTCGATTCGGCAAATAACGCAGTTGGGCAGGATTATTCGCGCTGGAACGACGTCTGGCTAACGTTGCGTGGTCAGTTTGGTGCGCGCAGCACGTTGCAAAATCCTGCCGATCCTGAAAGTTCGGTGATGTATGGTGCCGCGCCggtt > 2:270227/1‑247 (MQ=255) cAGCTACAACATCGCCCGTTTCGCGCCAATATCGGTGGCATTAACAAAGTGCGCAATGAATAT‑CATGTCTATATGACCGATTCGCAGGGTAAAGTATTGTTCGATTCGGCAAATAAAGCCGTTGGGCAGGATTATTCGCGCTGGAATGACGTCTGGCTAACGTTGCGTGGTCAGTATGGTGCGCGCAGCACGTTGCAAAATCCTGCCGATCCCGAAAGTTCGGTGATGTATGTTGCCGCGCCGATTATGGa < 1:134192/251‑1 (MQ=255) caacaTCGCCCGTTTCGCGCCAATATCGGTGGCATTAACAAAGTGCGCAATGAATAT‑CATGTCTATATGACCGATTCGCAGGGTAAAGTATTGTTCGATTCGGCAAATAAAGCCGTTGGGCAGGATTATTCGCGCTGGAATGACGTCTGGCTAACGTTGCGTGGTCAGTATGGTGCGCGCAGCACGTTGCAAAATCCTGCCGATCCCGAAAGTTCGGTGATGTATGTTGCCGCGCCGATTATGGACGGCTc < 1:304694/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |