| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,636,411 | A→T | G135G (GGA→GGT) | creB → | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,636,411 | 0 | A | T | 98.5% | 192.3 / NA | 68 | G135G (GGA→GGT) | creB | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (40/26); minor base C (0/1); total (41/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑ACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTCGATACCCACATTAAAACGCTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGAT > NC_000913/4636164‑4636653 | tcGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCAt > 1:535767/1‑251 (MQ=255) aTGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCAtttt < 1:98412/251‑1 (MQ=255) gtttGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTttgaattg > 1:490375/4‑251 (MQ=255) gCCGGATTTCAGCGGATGTGAATTATGCCTCCAGTTACTGGCGCTCCATCCTGCTTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCTAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTTCTTGGGCTGGAAATTGGTGCGGACGACTATGTGGCTAATCCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCCTCTTACTTCGTCGGGTGAATAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCTTATTGGTCATTTTTAATttaatg < 2:432344/251‑1 (MQ=255) cctgATATCAGCGTCTTGGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGGGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATtgaatga < 2:506981/248‑1 (MQ=255) tgATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGCCGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAACTTGGTGCTGCCGCCTATGTGGCTCAACCGTTTTCACCCCGCGAAGAGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGGGAAGAAGTTCTCGTAC‑CCGGCTCCCGTCATCCGTTTTGGTCCTTTTGACTtgaatgacc > 2:380739/2‑249 (MQ=255) tgATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGAACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGCAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGCGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTCCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGACGATCTCG‑TCGCCGACTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGCATGAAc > 2:36553/2‑251 (MQ=255) tatcaGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCcg > 1:81994/5‑251 (MQ=255) accaGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCcgc < 2:318059/248‑1 (MQ=255) aGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCgcggc > 1:36595/1‑251 (MQ=255) 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tatgCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTgg > 1:139903/3‑251 (MQ=255) atgCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCTAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGt < 1:277938/250‑1 (MQ=255) atgCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCgcggc < 1:347231/236‑1 (MQ=255) atgCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCgcggc > 2:347231/2‑237 (MQ=255) gccgccAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGGTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGtgt < 2:36595/251‑3 (MQ=255) gccAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGac < 1:60199/251‑1 (MQ=255) 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ttttCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAgg > 1:159866/1‑250 (MQ=255) ttttCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAgg > 1:542961/1‑250 (MQ=255) cgaagttagcgcCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTa > 2:503482/9‑147 (MQ=255) cgAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCTTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCGGGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTa < 1:503482/147‑1 (MQ=255) tgtgCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCAcc > 1:557482/1‑251 (MQ=255) ggtgCGCCAGGGTGCTCCCCTTACTGCGTGGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCACCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGACCCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCAcc < 1:4903/250‑1 (MQ=255) gtgCGCCAGGGGGCGCTCCTTCCTGCGTCGGGTAAAGAATTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCTTCACCCGTATTGGTCATTTTAAATGGAATGACCCCGCGCCGCAGATCAGCTGTTTTGCAACGCCATTACCGCGGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGTCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCg < 1:70950/251‑1 (MQ=255) gggTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAACGCTGGCGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGCCGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCCACTAATGGATAGCGTGTGGAAAGAGGCGGAGGGCACCTCCGATCGCACCGttgctacc > 2:21529/1‑244 (MQ=255) aCCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTa > 1:336388/1‑250 (MQ=255) cTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑TCGCCGTCTACCGTCATCCGGATTGGTCATTTTGGATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTACTGGATAGCGTGTGGGAAGGTGCGCAGGAAACCTACGATCGCACCGTTGATCCCCACCTTAAAACgtt > 2:221253/1‑249 (MQ=255) ccgccttcccggtcccggctcCCGTCATCCGTATTGGCCATTTTAAATTAAATGAACCCGGGGCGAAGACCATCTGGTTGTACACGCCATTAACGCTGCCGCGTTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTGACTCAAGTCGCAAGGCCGGGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTg < 2:641338/233‑1 (MQ=255) gCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGATGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAAcc > 2:465711/1‑251 (MQ=255) cGTCTCCTGCCATCTGTATTGGTCATTTGGTATTGATGGACCCCGCGGCTCAGACCAGCTTGTTCTACACGCCATTACCTCTGCCGCGGTATGAGTGTTTCTTCCTGAAGACGTTACACAAGTCGCCTGGCCGCTTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCACcccc < 2:214944/251‑1 (MQ=255) cGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTg > 1:641338/1‑236 (MQ=255) cccGTCATCCGTATGGGTCATTTTGAATTAAATGACCCCGGGGCGCAGACCAGCTGTTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCt < 1:466021/251‑1 (MQ=255) cATCCGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCAc > 1:333231/1‑251 (MQ=255) cGTATTGGTCATTTTGAATTGAATGACCCCGCGGCGCAGATCAGCTGTTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGATTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGAt < 1:465711/251‑1 (MQ=255) gTATTGGTCATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCGGTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTg > 1:610809/1‑221 (MQ=255) | TCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCG‑ACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTCGATACCCACATTAAAACGCTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGAT > NC_000913/4636164‑4636653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |