| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,630,022 | T→C | E167E (GAA→GAG) | ettA ← | energy‑dependent translational throttle protein EttA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,630,022 | 0 | T | C | 98.4% | 370.2 / ‑5.0 | 129 | E167E (GAA→GAG) | ettA | energy‑dependent translational throttle protein EttA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (61/65); total (61/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
CCAGCCAGGAGGAGTAGTTACCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCG‑GTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACAACGGTGCCTTCGAAGTCGTGCAGGAAGCGTTCCAGCCAGGCCACGGATTCGGCATCCAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCATGTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAACGCTACGCGACGACGTTCACCACCGGAGA‑GGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGATTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCAGGCGTTTCAGGGCGTTAACCACTTCTGAAACCGCTTCTTCAATGGACTC > NC_000913/4629778‑4630261 | cccgccagtagtagtagtggtcTTCCCACGGAAATCCTTCACCTCG‑GTCAATTGCGAGGATCCTGCCTGCAACTTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACCACGTTGCCCTCGAAGTCGTGTAGGAAGCGTTCCAGCCAGGCCACGGATTCGGCATCCAGTTGGTTGGTCTGTTCGTCGAGCAGCAGCAGGTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAACGCTACGCGTCGACGCTcacca < 2:604766/230‑1 (MQ=255)ccagccagGAGGAGTAGTTGCCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCG‑GTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACCACGGTGCCCTCGAAGTCGTGCAGGAAGCGTTCCAGCCAGGCCACGGATTCGGCATCCAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCATGTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAACGCTACGCGACGACGCTcacc > 1:416434/1‑250 (MQ=255) cagccagGAGGAGTAGTTGCCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCG‑GTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACCACGGTGCCCTCGAAGTCGTGCAGGAAGCGTTCCAGCCAGGCCACGGATTCGGCATCCAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCATGTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAACGCTACGCGACGACGCTcaccac < 1:361054/251‑1 (MQ=255) ggagTAGTTGCCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCG‑GTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACCACGGTGCCCTCGAAGTCGTGCAGGAAGCGTTCCAGCCAGGCCACGGATTCGGCATCCAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCATGTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAACGCTACGCGACGACGCTCACCACCGGAGA‑GGt > 1:513362/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |