| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,629,896 | T→C | E209E (GAA→GAG) | ettA ← | energy‑dependent translational throttle protein EttA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,629,896 | 0 | T | C | 96.7% | 457.6 / 2.3 | 152 | E209E (GAA→GAG) | ettA | energy‑dependent translational throttle protein EttA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base C (80/67); total (82/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
GACGTGCTTTACCTTTCGACTGACGGCCTTTAGTACCTTGACGTACCCATTCCAGCTCTTTCTCAATCGACTTACGACGCGCCGCTTCTTGTGAAGCTTCCTGCGCCAGGCGCTGATCTTTCTGCTCCAGCCAGGAGGAGTAGTTACCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCG‑GTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACAACGGTGCCTTCGAAGTCGTGCAGGAAGCGTTCCAGCCAGGCCACGGATTCGGCATCCAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCATGTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAACGCTACGCGACGACGTTCACCACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGATTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAG > NC_000913/4629652‑4630141 | gACGTGCTTTACATTTCGACTGGCGGCCTTTAGTTCCCTGACGTACCCACTCCAGCTCTTTCTCGATCGAATTACGACGCGCCGCTTCTTGAGAAGCTTCCTGCGCCAGGCGCTGATCTTTCTGCTCCAGCCAGGAGGAGTAGTTGCCTTACCACGGAATACCTTCACCGCG‑GTCCAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATAGAGGAAGTAACGGTCGTGGGAAATAGCAACCACGGTGCCCTCgg > 1:66397/1‑248 (MQ=255) gTGCTTTACCTTTCGACTGGCGGCCTTTAGTTCCCTGACGTACCCACTCCAGCTCTTTCTCGATCGTCTTACGACGCGCCGCTTCTTGTGAAGCTTCCTGCGCCAGGCGCTGATCTTTCTGCTCCAGCCAGGAGGAGTAGTTGCCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCG‑GTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACCACGGTGCCCTCGAAGTCg < 2:167962/251‑1 (MQ=255) tttACCTTTCGACTGGCGGCCTTTAGTTCCCTGACGTACCCCCTCCAGCTCTTTCTCGATCGACTTACGACGCGCCGCTTCTTGTGAAGCTTCCTGCGCCAGGCGCTGATCTTTCTGCTCCAGCCAGGAGGAGTAGTTGCCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCG‑GTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACCACGGTGCCCTCGAAGTCGTGc > 1:527080/1‑250 (MQ=255) aCCTTTCGACTGGCGGCCTTTAGTTCCCTGACGTACCCACTCCAGCTCTTTCTCGATCGACTTACGACGCGCCGCTTCTTGTGAAGCTTCCTGCGCCAGGCGCTGATCTTTCTGCTCCAGCCAGGAGGAGTAGTTGCCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCG‑GTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACCACGGTGCCCTCGAAGTCGTGCAgg > 1:311188/1‑250 (MQ=255) ctcgtcgggcGGCCTTTAGTGCCCGGACGTACCCACTCCAGCTCTTGCTCGATCGACTTACGTCGCGCCGCTTCTTGTGAAGCTTCCTGCGCCAGGCGCTGATCTTTCTGCTCCAGCCAGGAGGAGTAGTTGCCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCG‑GTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACCACGGTGCCCTCGAAGTCTTGCAGGAAg < 2:129473/240‑1 (MQ=255) tCGACTGGCGGCCTTTAGTTCCCTGACGGACCCACTCCAGCGCTTTCTCGATCGACTTACGACGCGCCGCTTCTTGTGAAGCTTCCGGCGCCAGGCGCTGATCTTTCTGCTCCAGCCAGGAGGAGTAGTTGCCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCG‑GTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTAGCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACCACTGTGCCCTCGAAGTCGTGCAGGAAGCg < 2:445312/250‑1 (MQ=255) cgcctggcGGCCTTTAGTTCCCTGACGCACCCACCCCAGCTCTTTCGCGATCGACTTACGACTCGCCGCGTCTTGTGAAGTTTCCTGCGCCAGGCGCTGATCTTTCTGCTCCAGCCAGGAGGAGTAGGTGCCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCG‑GTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACCACGGTGCCCTCGAAGTCGTGCAGGAAGCGtt < 2:527080/244‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |