| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,627,084 | G→A | P391P (CCG→CCA) | radA → | DNA recombination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,627,084 | 0 | G | A | 98.5% | 202.0 / NA | 65 | P391P (CCG→CCA) | radA | DNA recombination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (25/39); minor base T (0/1); total (25/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
CACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTG‑GCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACTTAGCGTTACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGCGACAGACCGCTGCCGCAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATCTCTGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTGCCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTTAGCGTGTTCGACGACTTATAATGAGATATACGGAGGGAGATATGTCGT > NC_000913/4626837‑4627321 | cgttgctgGTGGAGATTCAGGCGCTGTTCGATCACGCGATGATGGCGAATCCGCGCCTCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTG‑GCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGCGTTACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAg < 1:97439/248‑1 (MQ=255) 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gctgGCGATGGTGTCCAGCCGGCGTGACAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATTTCAGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCTGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTACCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTTAGCGTGTTCGACGACTTATaa < 1:609692/250‑1 (MQ=255) ctgGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATTTCAGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTACCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTTAGCGTGTTCGACGACTTATAATg > 1:636584/1‑251 (MQ=255) gCGATGGTTTCAAGCCTGCTGGACAGACCGCTGCCACAGGAGCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATTTCAGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTACCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTTAGCGTGTTCGACGACTTAGAATgagg < 2:609796/251‑2 (MQ=255) tCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATTTCAGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTACCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTTAGCGTGTTCGACGACTTATAATGAGGAATACgga < 1:525456/250‑1 (MQ=255) aCAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATTTCAGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTACCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGGTAAAAAACTCTCCGACGCGCTTAGCGTGTTCGACGACTTATAATGAGGAATACGGAGGGAGATATgtcgt < 2:166709/251‑1 (MQ=255) | CACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTG‑GCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACTTAGCGTTACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGCGACAGACCGCTGCCGCAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATCTCTGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTGCCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTTAGCGTGTTCGACGACTTATAATGAGATATACGGAGGGAGATATGTCGT > NC_000913/4626837‑4627321 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |