| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,627,069 | C→T | R386R (CGC→CGT) | radA → | DNA recombination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,627,069 | 0 | C | T | 95.7% | 207.7 / NA | 70 | R386R (CGC→CGT) | radA | DNA recombination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (28/39); minor base G (1/2); total (29/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTG‑GCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACTTAGCGTTACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGCGACAGACCGCTGCCGCAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATCTCTGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTGCCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTTAGCGTGTTCGACGACTTATAATGAGATATACGGA > NC_000913/4626826‑4627307 | aggaaCGCGTCCGTTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAAAAAAACCGTCTG‑GCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGACGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGCGGTACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGAc > 2:523349/1‑251 (MQ=255) ggaaCGCGTCCGTTGCTGGTGGAGATTCCAGCGCTGCTCCCTCACTCGATGATGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAACCCGTATG‑GCAATCACGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGAGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGTTGTGTCTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAGCCAGCGCCGGCTTAGCGTTACTGCTGGCGATGGTTTACCGCCTGCGTGGCAGAcc > 2:660129/1‑251 (MQ=255) gaacgctctctttttgggtggAGATTCAGGTGCTGGTCGATCACTGGATGATGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGGGGGGCTGGAACAAACCCGTCTG‑GCACTCCTGCTGGCTGTCTTGCACCTTCACGGGGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGGGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCTCCGACTAAGCGTTTCTGCTGGCGATGGGTTCCAGCCTGCGTGACAGACCg < 2:410471/235‑1 (MQ=255) cggttccgttgctgGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGAGGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGCCTG‑GCAGTCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGCGTTACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTg < 2:648762/242‑1 (MQ=255) 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ccAGCGCCGACTTAGCGTTACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATTTCAGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTACCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCtt < 1:523349/251‑1 (MQ=255) cagcgCCGACTTAGCGTTACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATTTCAGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTACCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTTa < 1:446095/247‑1 (MQ=255) agcgCCGACTTAGCGTTACTGCTGGAGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGGTCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATTTCAGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGGTTGTTCCGGCGGCTAACGTACCGAAAAAAGCGACGGAAGGGATGAAGCATTTTGGCGTTAAAAAGctcctcaccccgctt > 2:163077/4‑237 (MQ=255) 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ggtgtACTGCTGGCGGGGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGATCGCTGCCACAGTATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGGCGGGCTGGCAGGGGAGATCCTCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATTTCAGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTACCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTGTGCGTGTTcgacg < 2:290367/246‑1 (MQ=255) ttACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATTTCAGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTACCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTTAGCGTGTTCGACGACtt > 1:303629/1‑251 (MQ=255) gctgggtttGGTTTCCAGCCTTCGTGAAAGATCTCGGCCACAGGATCTGGGGGTGTTTGGGGAAGTCGGGCTGGCAGTGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATGTCAGAAGCGGCGAAACAC‑GGGTTTCGCCTGGCGATTGTTCCGGTGGCTAACGTACCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGTCGCGCTTAGCGTGTTCGACGATTTATAAt < 2:539755/243‑1 (MQ=255) 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tCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATTTCAGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTACCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTTAGCGTGTTCGACGACTTATAATGAGGAATACgga < 1:525456/250‑1 (MQ=255) | AGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTG‑GCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACTTAGCGTTACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGCGACAGACCGCTGCCGCAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATCTCTGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTGCCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTTAGCGTGTTCGACGACTTATAATGAGATATACGGA > NC_000913/4626826‑4627307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |