| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,627,027 | T→C | S372S (AGT→AGC) | radA → | DNA recombination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,627,027 | 0 | T | C | 98.6% | 198.1 / ‑6.9 | 70 | S372S (AGT→AGC) | radA | DNA recombination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (30/38); total (30/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTG‑GCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACTTAGCGTT‑ACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGCGACAGACCGCTGCCGCAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATCCGCCCGGTGCCCAGCGGTCAGGAACGAATCTCTGAAGCGGCGAAACAC‑GGTTTTCGCCGGGCGATTGTTCCGGCGGCTAACGTGCCGAAAAAAGCGCCGGAAGGGATGCAGATTTTTGGCGTTAAAAAACTCTCCGACGCGCTT > NC_000913/4626782‑4627273 | ggagATGAAGTGACCTCCGGCAGCTCCGTGATGGTGGTGTGGGAAGGAACGCGTCCGTTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTG‑GCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCg > 1:438021/4‑250 (MQ=255) aTGAAGTGACCTCCGGCAGCTCCGTGATGGTGGTGTGGGAAGGAACGCGTCCGTTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTG‑GCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACtt > 1:290367/1‑250 (MQ=255) gcaGTGACCTCCGCCAGCTCCGTGATGGTGGTGTGGGAAGGAACGCGTCCGTTGCTGTTGGAGATTCAGGCGTTGGTCGATCACTCGATGATGGCGACTCCGCGCCTCGTGGCAGTGGTGCTGGACCAAAACCGTCTG‑GCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATTGCCGATCAGGATGTGTTTGTTAACG‑TGTTCGGCGGCTTGTAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGc < 2:348859/249‑1 (MQ=255) aaGTGACCTCCGGCAGCTCCGTGATGGTGGTGTGGGAAGGAACGCGTCCGTTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTG‑GCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGCg > 1:79731/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |