| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,626,889 | A→G | P326P (CCA→CCG) | radA → | DNA recombination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,626,889 | 0 | A | G | 97.5% | 224.8 / ‑4.5 | 79 | P326P (CCA→CCG) | radA | DNA recombination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (30/47); total (31/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACCTTGCGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCAATTTTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACTTAGCGTT‑ACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGCGACAGACCGCTGCCGCAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATC > NC_000913/4626643‑4627129 | gggCGATGCCGACTCCCGTTTGCGCACCTTGCGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCAATTTTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCAcgcc < 1:607631/250‑1 (MQ=255) ggCGATGCCGATTCCCGTTTTCGCCCTTTACGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCAATTTTCTTAAGTCGCGGAGATGAAGTGACCTCCGGCAGCTCCGTGATGGTGGTGTGGGAAGGAACGCGTCCGTTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAATCCGcgccg < 2:508403/251‑1 (MQ=255) aTGCCGACTCCCGTTTGCGCACTTTACGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCAATTTTCTTAAGTCGCGGAGATGAAGTGACCTCCGGCAGCTCCGTGATGGTGGTGTGGGAAGGAACGCGTCCGTTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAATCCGCGCCGCGTg < 1:540012/251‑1 (MQ=255) ccGACTCCCGTGTTCGCACTTTACGCAGCAATAAAACCCGCGTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCAATTTTCTTAAGTCGCGGAGATGAAGTGACCTCCGGCAGCTCCGTGATGGTGGTGTGGGAAGGAACGCGGCCGTTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCa < 2:162822/251‑1 (MQ=255) 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gtccgttgctgGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGCGTT‑ACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGcc > 1:545516/7‑250 (MQ=255) cgttgctgGTGGAGATTCAGGCGCTGTTCGATCACGCGATGATGGCGAATCCGCGCCTCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGCGTT‑ACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAg < 1:97439/248‑1 (MQ=255) cgttgctgGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑Tgg < 2:332203/159‑1 (MQ=255) cgttgctgGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑Tgg > 1:332203/4‑162 (MQ=255) 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ttCAGGCGCTGGTCGATCACGCGATGATGGCGAAGCCGCGCCGCGTGGCAGGTGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCGGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGttt < 2:319157/137‑1 (MQ=255) tCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGCGTT‑ACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGttt < 1:584484/250‑1 (MQ=255) aTCACTCGATGATGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGCGTT‑ACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTg < 1:313626/251‑1 (MQ=255) ccTCGATGATGGGGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCGGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGCGTT‑ACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCa < 2:438021/250‑1 (MQ=255) gatgatGGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGACCAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGCGTT‑ACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTACGTGACAGGCCGCTGCCACCGGATATGGTGGTGTTTGGtagaggagggctggcggggg > 2:675795/1‑232 (MQ=255) atgatgGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGAGGGGCTGGCACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGGGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGGAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGCGTT‑CCTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGGCAGACCGCTGCCACAGGTTCTGGTGGGGTTTTGTGAAGTCGGGcgggacggggg > 2:31547/1‑241 (MQ=255) tgatgGCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGCGTT‑ACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAgggg > 1:428578/1‑249 (MQ=255) gggCGAATCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTCTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGCGCCGACTTAGCGTT‑ACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGTGACAGACCGCTGCCACAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATc < 1:323335/250‑1 (MQ=255) | TGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACCTTGCGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCAATTTTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACG‑TGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACTTAGCGTT‑ACTGCTGGCGATGGTTTCCAGCCTGCGCGACAGACCGCTGCCGCAGGATCTGGTGGTGTTTGGTGAAGTCGGGCTGGCAGGGGAGATC > NC_000913/4626643‑4627129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |