| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,626,568 | G→A | G219G (GGG→GGA) | radA → | DNA recombination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,626,568 | 0 | G | A | 98.6% | 209.0 / NA | 72 | G219G (GGG→GGA) | radA | DNA recombination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (28/42); total (30/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAATGCGCGCTCATCGCCTTGGCCTGCCGACTGACAATCTCAATATGTTGTCGGAAACCAGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGC‑TGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACCTTGCGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCAATTTTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTC > NC_000913/4626323‑4626807 | gCAATGCGCGCTCATCGCCTTGGCCTGCCGACTGACAATCTCAATATGTTGTCGGAAACCAGCATCGAGCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGt < 1:557203/251‑1 (MQ=255) aaTGCGCGCTCATCGCCTTGGCCTGCCGACTGACAATCTCAATATGTTGTCGGAAACCAGCATCGAGCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTaa < 1:363720/251‑1 (MQ=255) aaTGCGCGCTCATCGCCTTGGCCTGCCGACTGACAATCTCAATATGTTGTCGGAAACCAGCATCGAGCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTa > 1:198512/1‑250 (MQ=255) aTCGCCTTGGCCTGCAGACTGACAATCTTAATATGTTGTCGGAAACCAGCATCGAGCAGATCTGCTTGATTGCCGAAGAAGAGCAACTGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATTCATATGGCTGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGTTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATggc < 1:606464/251‑2 (MQ=255) gCCTTCCGACTGATAATCTCAATATGTTGTCGGAAACCAGCATCGAGCAGATCGGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGCTCCAGGTGATGCATATGGCGGATTTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGGAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAATATGGCTCgctggca < 2:308959/251‑2 (MQ=255) ccTGCCGACTGACAATCTCAATATGTTGTCGGAAACCAGCATCGAGCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCgctggcgg < 1:360040/251‑3 (MQ=255) tgcagACTAACAAGCTCAATATGTTGTCGGATACCAGCATCGAGCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGACGAGCAAACGAAGATGATGGAAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGGGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCTGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGATGGGG‑CGATTGT‑CCTAGTTGGACCCGTAACCAACGATGGGtggctggcgggg > 2:355585/5‑247 (MQ=255) ccGACTGACAATCTCAATATGTTGTCGGAAACCAGCATCGAGCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGccc > 1:558923/1‑251 (MQ=255) gACAATCTCAATATGTTGTCGGAAACCAGCATCGAGCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAAACAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGt > 1:476342/1‑251 (MQ=255) cAATATGTTGTCGGAAACCAGCATCGAGCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTg < 1:492655/247‑1 (MQ=255) atGTTGTCGGAAACCAGCATCGAGCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACt < 1:431334/250‑1 (MQ=255) atGTTGTCGGAAACCAGCATCGAGCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGGGCTGGAACCCTg > 1:578348/1‑251 (MQ=255) gttgtCTGAAACCAGCATCGAGCAGATCTGCCGGATGGCCGAAGAAGAGCATCCGAAGCGGATGTGAATTGACTCGAGCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGGTATCGCCTGGCATCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGATGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTa < 2:328378/251‑1 (MQ=255) ggAAACCAGCATCGAGCAGATATGCATGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGGGGCGCAAGGGCGTGAAACAGCGGCATATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGGGGGG‑CGATTGT‑CAAGGGTGGGCACGTAAACAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGAc > 1:365655/1‑250 (MQ=255) gCATCGAGCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTg < 1:105339/251‑1 (MQ=255) gagcAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCAGATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCtttt < 1:26883/248‑1 (MQ=255) gCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGATGCTGATAGTATTTGTCTAGATTCTGTTGCTGCATATGGCGTATGGTCAGTCTGCGCCTGGCAGCGTTGCGCCGGTGCGTGTAACGGCGTCTTATCTGACTCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTATCCAAAGATGGTTCGCTGGC‑GGGGTATGAAGTGCTGGAACACTGTATCTACTGTTCGGTGCttttttctga < 2:95665/247‑7 (MQ=255) gCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGGGATGCATATGGCGGATGTACAGGCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGc < 2:371001/248‑1 (MQ=255) tGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGAGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCCGGAACACTGTATCGCCTGTTCCGTGCTTTTGGATGGCGATGcc > 1:285309/1‑251 (MQ=255) 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aatggatgcgagccAGGTGATGCAAATGGCGGATGGACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCGGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATGCCGTCTCCCGTTTTCGCACGTTAGGCAGCCATaaaa < 2:32440/239‑1 (MQ=255) aTTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACTTTACGCAGCCATaaaaa < 1:509558/251‑1 (MQ=255) aTTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGCAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATCTGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAAAACTGTATCGACTGTTCGGGGCTTTTGGATGGCGGTGCCGACTCCCGTTTTCGCACTTTACGCAGCCATaaaa > 1:508403/1‑250 (MQ=255) 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gctattctGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGGGTGG‑CGATAGT‑CATGGGTGGACAAGTAACCAAAGATGGCTCGCTGTC‑GGGCCCTAAGGTGCTGGAACACTGTATCGACTGGTCGGTGCTTTTGGAGGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACTGTACGCAGCCATAAAAACCGCTGCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGc < 2:6321/244‑1 (MQ=255) tatctGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACTTTACGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCa < 1:99834/245‑1 (MQ=255) atctGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACTTTACGCAGCCa < 2:371176/160‑1 (MQ=255) atctGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACTTTACGCAGCCa > 1:371176/4‑163 (MQ=255) atctGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACTTTACGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCAAtt > 1:338213/4‑251 (MQ=255) tctGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACTTTACGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCAAttt > 1:162822/3‑251 (MQ=255) tGACGCGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACTTTACGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCAATTTTc > 1:648762/1‑251 (MQ=255) 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gtgG‑CGATTGG‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCGGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCAACTGTTCGGGTCTTTTGGATGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACTTTTCGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGGGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGGGAAGACAGCAAACCTTCGGCAATTTTCTTAAGTGGCGGGGCTGAGGTGACCTc > 2:87298/1‑251 (MQ=255) ggtgATTTT‑CATGGTTGGATACGTACCCAAAGACGCATCGCTGGC‑GGGCCCTAATGTGCTGGAACACTGTAGCGACGGTTCGGTGATTGTGGATGGCGATGCAGTCTCCCTTCTTCGCACTTTACGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGTGCTGTGAATGAGCTTGGCTTCTTCGCGATGACCGAACCGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCAAGTTTCTTAAGGCGCGTAGATTAAGTGACCTcc < 2:406871/247‑1 (MQ=255) gATTGT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACTTTACGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGGCAGCAACCCTTCGGCAATTTTCTTAAGTCGCGGAGATGAAGTGACCTCCggcc > 1:363401/1‑249 (MQ=255) ttGT‑CATGGTTGGTCACGTAACCAAAGCTGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCGTTTGGATGGCGATGCCGACTCCCGTATTCGCACTTTACGCAGCCATACAAACCACTTCGGCGCGGTGAATGAGCTCGGCTTATTCGCGTTGACAGCAAAGGGGCTGCGGGAGGGCAGCGACCATCAGGCAGTTTTCTGAAGTGGGGGAGATGAAGAGAACTCCggagac > 2:50588/1‑247 (MQ=255) gT‑CATGGTTGGACACGTAACCAAAGATGGCTCGCTGGC‑GGGCCCTAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACTTTACGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCAATTTTCTTAAGTCGCGGAGATGAAGTGACCTCCGGCAGCTc > 1:265148/1‑251 (MQ=255) | GCAATGCGCGCTCATCGCCTTGGCCTGCCGACTGACAATCTCAATATGTTGTCGGAAACCAGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCAGGTGCGTGAAACGGCGGCTTATTTGACACGCTTCGCCAAAACGCGCGGTGTGG‑CGATTGT‑CATGGTGGGGCACGTAACCAAAGATGGTTCGCTGGC‑TGGCCCGAAAGTGCTGGAACACTGTATCGACTGTTCGGTGCTTTTGGATGGCGATGCCGACTCCCGTTTTCGCACCTTGCGCAGCCATAAAAACCGCTTCGGCGCGGTGAATGAGCTGGGCGTCTTCGCGATGACCGAACAGGGGCTGCGTGAAGTCAGCAACCCTTCGGCAATTTTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTC > NC_000913/4626323‑4626807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |