| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,626,042 | T→C | M44T (ATG→ACG) | radA → | DNA recombination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,626,042 | 0 | T | C | 97.6% | 257.1 / ‑4.0 | 84 | M44T (ATG→ACG) | radA | DNA recombination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (49/33); total (50/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
AGTCACCATCCGTCACGCTGACCTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAATGGTGGCGCGTAACGAG‑CGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGCTACTGCAAACGCTGTGCAAACTGGCCCAGCAGATGAAAACGCT > NC_000913/4625794‑4626288 | aGTCACCATCCGTCACGCTGACCTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCAAAtgg < 1:83072/251‑1 (MQ=255) aCGCTGACCTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACg > 1:454667/1‑249 (MQ=255) tGACCTGATGGGGGGATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCAGGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGAGTCTGCCTGCGTCGCAAACGGTGGCGCGTAACGAG‑CGt > 2:575482/1‑250 (MQ=255) cTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGGCAAAAGCTCCAACACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGCACACCCTCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAG‑CGtctc > 1:36402/1‑249 (MQ=255) 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gTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAG‑CGTCTCAGCGGCTATGCCGGAAGCGCCGGGGTGGCGAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCACGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGGGCGGGGGAATCCAAGCCGTTGCTGCAAACGCTGTGCAAACGGGCCAAGCAGAtacaa > 2:36929/1‑246 (MQ=255) cGCCAACGGTGGCGCGTAACGAG‑CGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGTTGCTGCAAACGCTGTGCAAACTGGCCCAGCAGATGAAAAc < 1:185775/250‑1 (MQ=255) ccAACGGTGGCGCGTAACGAG‑CGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGTTGCTGCAAACGCTGTGCAAACTGGCCCAGCAGATGAAAACGCt < 1:260331/251‑1 (MQ=255) | 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |