| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,625,248 | C→T | D118D (GAC→GAT) | serB → | phosphoserine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,625,248 | 0 | C | T | 94.1% | 180.4 / ‑0.3 | 68 | D118D (GAC→GAT) | serB | phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); new base T (33/31); total (36/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
CGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGCCAGGCTTAACGCAACTGGTGCTCAAGCTGGAAACGCTGGG > NC_000913/4625003‑4625484 | ggTAGCGGATGGCTGCTTGATGTGCGTGGGCTGGATAAACAGCGGCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCTCCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGTATTCCAc < 2:601993/250‑1 (MQ=255) gctggctgCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCCAACTGGGTGCGGCGATG‑GCGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATc > 1:330072/1‑251 (MQ=255) tggctgCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATcc > 1:341839/1‑250 (MQ=255) gctgTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGagt < 1:394999/250‑3 (MQ=255) 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tAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGGGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGGGATGGACATGGATTCCCCC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGccc > 2:141575/1‑250 (MQ=255) aaaCAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCAcc > 1:70579/1‑216 (MQ=255) aaaCAGCGTCTGAACCAAGACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATT‑GTGATTTGTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCAcc < 2:70579/216‑1 (MQ=255) 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cccAATACCAGATCAAACTGGTTGCGGCATTG‑GTGAGTGTTGCCGCCTGGTGCGTTTAAGATTATCAGGTGTGTCGTCTGGCATGGTCACTCACCGCGCGGGCGACGCGCCTGGCCCATTAAGCGCAACGGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAAGCCCGCTCCTGTGCACGCCGGGTTGGCTGGTGATGGACATTGATTCCTCC‑GCCATCCAGATTGATTGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACg < 1:610084/251‑1 (MQ=255) tcAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑TTGATTGGTGCCGACTGGCGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCTCTCACCGCACGGGCTACGCGACTGGCCCATGAAGCGCAAATGGCTGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGACGGGCATGGGTTCCACC‑GCCCTCCAGGTTGAATGTATTGGACCAATTGCCAAACCGGCCGGAACgg > 2:167454/2‑251 (MQ=255) ccAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACgg > 1:366310/1‑251 (MQ=255) 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gATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAAc > 1:519704/1‑251 (MQ=255) tG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACgg > 1:200760/1‑251 (MQ=255) ttgCCGCCTGTTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCGCCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATgcg < 2:9239/250‑1 (MQ=255) 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tATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGcc > 1:438685/1‑249 (MQ=255) aGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTg > 1:65851/1‑251 (MQ=255) tGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGCTTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCAAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTAACGCCCGCCTggcc > 2:4910/1‑248 (MQ=255) 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ggATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCTCGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGAGGCGCGGCTAACTCGATTTTGCCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGaa < 1:95409/247‑1 (MQ=255) gATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCt > 1:414571/1‑251 (MQ=255) aTGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTg < 1:572740/251‑1 (MQ=255) cGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCACAAGGAGCGTGAAAATCTGCCGc > 1:148680/1‑251 (MQ=255) cctcgggggAAACCCCCGCCCCTGCGCACGCCGGGTTGGCGGGTGAGGGACATGGTTTCCACC‑CCCATCCAGATTGAATGGATTGAGGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGAt < 2:341839/246‑1 (MQ=255) gtGGGAAAAATCCCGCTCCTGCCCGCGCCGGGTTTGTGGGTGATGAACAGGGATTCCTCC‑GCCAACCAGATTGAATGTATGGATGAAATGGCCAACCTGGCCGGAACGGGGGAGATGGTGGCGTAAGTAACCGAACGGGCGAGGCGCGGCGACCTGGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGcc < 2:91454/250‑1 (MQ=255) 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ccTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGCCAGGCTTAACGCAACTgg < 1:223462/251‑1 (MQ=255) cTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCACGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGCCAGGCTTAACg > 1:618006/1‑243 (MQ=255) ccctctgggTTTGCTGGTGATGGATATGGACGCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACGGGCAGGAATGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTACCCGAACGGGCGATGCGCGGCAAACCCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGTAACAGGTGCGTGAAAATCTGCGGCTGATGCCAGGCTTAACGCAACTGGTGCTCa < 1:226429/245‑1 (MQ=255) 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gTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCAAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGCCAGGCTTAACGCAACTGGTGCTCAAGCTGGAAACgctggg < 1:4910/251‑1 (MQ=255) | CGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGCCAGGCTTAACGCAACTGGTGCTCAAGCTGGAAACGCTGGG > NC_000913/4625003‑4625484 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |