| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,625,242 | T→C | D116D (GAT→GAC) | serB → | phosphoserine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,625,242 | 0 | T | C | 95.8% | 206.5 / ‑1.9 | 72 | D116D (GAT→GAC) | serB | phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (36/33); total (38/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
ACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGCCAGGCTTAACGCAACTGGTGCTCAAGCTGGAAACGCTGGG > NC_000913/4624995‑4625484 | aCGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATg < 1:583119/251‑1 (MQ=255) ggTAGCGGATGGCTGCTTGATGTGCGTGGGCTGGATAAACAGCGGCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCTCCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGTATTCCAc < 2:601993/250‑1 (MQ=255) gctggctgCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCCAACTGGGTGCGGCGATG‑GCGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATc > 1:330072/1‑251 (MQ=255) tggctgCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATcc > 1:341839/1‑250 (MQ=255) tgctgTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGCAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGat > 1:222322/1‑232 (MQ=255) gctgTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGagt < 1:394999/250‑3 (MQ=255) aTGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATg < 1:15169/250‑1 (MQ=255) 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ggATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCTCGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGAGGCGCGGCTAACTCGATTTTGCCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGaa < 1:95409/247‑1 (MQ=255) gATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCt > 1:414571/1‑251 (MQ=255) aTGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTg < 1:572740/251‑1 (MQ=255) 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ggggAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGGGGCGACGCTGAAAGGCGCTACCGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGCAAATCTGCCGCTGATGcc > 2:535579/1‑249 (MQ=255) aaaaCCCCGCCCCTGCGCCCGCCGGGTTTGCGGGTGATGGACAGGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAAGTTATTGATGAAATTGCCAACCTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGCCAGGCtt < 1:365558/251‑1 (MQ=255) cccaatcccggcgcCCGCCGGGTTTGCTGGTGAGGGACAGGTATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGACCGGGCGATGCACGGCGAACCCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGCCAGGCTTAACg < 2:618006/241‑1 (MQ=255) ccTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGCCAGGCTTAACGCAACTgg < 1:223462/251‑1 (MQ=255) cTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCACGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGCCAGGCTTAACg > 1:618006/1‑243 (MQ=255) ccctctgggTTTGCTGGTGATGGATATGGACGCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACGGGCAGGAATGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTACCCGAACGGGCGATGCGCGGCAAACCCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGTAACAGGTGCGTGAAAATCTGCGGCTGATGCCAGGCTTAACGCAACTGGTGCTCa < 1:226429/245‑1 (MQ=255) 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gTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCAAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGCCAGGCTTAACGCAACTGGTGCTCAAGCTGGAAACgctggg < 1:4910/251‑1 (MQ=255) | ACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACAGGTGCGTGAAAATCTGCCGCTGATGCCAGGCTTAACGCAACTGGTGCTCAAGCTGGAAACGCTGGG > NC_000913/4624995‑4625484 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |