| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,625,179 | G→A | Q95Q (CAG→CAA) | serB → | phosphoserine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,625,179 | 0 | G | A | 97.1% | 195.8 / ‑2.6 | 71 | Q95Q (CAG→CAA) | serB | phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (42/25); total (45/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
CTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑ACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACA > NC_000913/4624935‑4625418 | ctTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGAt > 1:201023/1‑251 (MQ=255) aTGGCCGGGTCTTCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGGATTGATTCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTTGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGGCCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATggcg < 2:180288/251‑4 (MQ=255) aTGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGTGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTc < 1:665292/250‑1 (MQ=255) ggTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCt > 1:640237/1‑251 (MQ=255) 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attattAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCGTGCCCATGAAGCGCAACGGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTATCCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGcc < 2:114889/251‑1 (MQ=255) tATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGcc > 1:438685/1‑249 (MQ=255) aGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTg > 1:65851/1‑251 (MQ=255) 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CTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑ACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCAACA > NC_000913/4624935‑4625418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |