| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,625,170 | C→T | H92H (CAC→CAT) | serB → | phosphoserine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,625,170 | 0 | C | T | 97.2% | 189.4 / ‑2.3 | 71 | H92H (CAC→CAT) | serB | phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (43/26); total (45/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.51e-01 | |||||||||||
GTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑ACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCA > NC_000913/4624931‑4625415 | gTCTCTTTATGGCCGGGTTTTCCTCCTGTATTAAGTGGTGAGGAAGGGATGACACGGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCGGGCTGCGGTATGTGCGTGGGCGGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTTGTACGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCTCTCCCCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCaact < 2:368476/251‑4 (MQ=255) ctTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGAt > 1:201023/1‑251 (MQ=255) aTGGCCGGGTCTTCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGGATTGATTCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTTGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGGCCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATggcg < 2:180288/251‑4 (MQ=255) aTGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGTGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTc < 1:665292/250‑1 (MQ=255) 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gggCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGAc < 1:211941/251‑1 (MQ=255) cccATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCa > 1:441240/1‑250 (MQ=255) cccACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCa > 2:131327/1‑250 (MQ=255) | GTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑ACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGACGCCAATATTCTGCA > NC_000913/4624931‑4625415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |