| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,625,158 | A→G | T88T (ACA→ACG) | serB → | phosphoserine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,625,158 | 0 | A | G | 97.2% | 202.1 / NA | 71 | T88T (ACA→ACG) | serB | phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (42/27); total (44/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑ACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGAC > NC_000913/4624917‑4625401 | ccctggctgAAGAGGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCTTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGAGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGAGAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCTGCGATG‑GTGATTGGTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGcc < 1:650252/250‑1 (MQ=255) 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cGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTAGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGCTTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGagcggaggagaactcgatt > 2:648411/1‑233 (MQ=255) tGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCAAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGACCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCAGGGTTTGCGGGTGAGGGACATAG‑CTTCACCCGCCAACCAGATTGAATGTATTGTTGTAATTGCCAAACGGGCCGGGACGGGAGAAAGGGGGGAGGAAGTAACCGAACGGGCTATGCGAGGCGAACACGAtttt > 2:369990/1‑251 (MQ=255) aagcttATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑ACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑ACAATCCCGCACCTGCGAACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACC‑GCCCTCCAGATTGCATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGACAGTGCGAGATGGTGGCGGAGTTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGACCTCGCTTTTAcc > 2:245472/5‑251 (MQ=255) 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tGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGCTTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCAAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTAACGCCCGCCTggcc > 2:4910/1‑248 (MQ=255) tGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAACCTGCGCAGCCGcgtg > 1:444659/1‑251 (MQ=255) cAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCg > 1:473570/1‑251 (MQ=255) ttCACTCACCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCACGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGAACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGGTTGCATGTATTGATGTAATTGCCAAACAGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAAATCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGc > 1:37217/1‑251 (MQ=255) actcacCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGCTGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTg > 1:470659/1‑250 (MQ=255) cacCGCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTTGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTAGTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGAGGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCATCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAg < 1:273060/251‑1 (MQ=255) gCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGAtttt > 1:217075/1‑210 (MQ=255) gCACGGGCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGAtttt < 2:217075/210‑1 (MQ=255) gggCTAC‑GCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGCGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGAc < 1:211941/251‑1 (MQ=255) | ACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATG‑GTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGG‑TGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTAC‑ACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGG‑AAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACC‑GCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCCAAACTGGCCGGAACGGGCGAGATGGTGGCGGAAGTAACCGAACGGGCGATGCGCGGCGAACTCGATTTTACCGCCAGCCTGCGCAGCCGTGTGGCGACGCTGAAAGGCGCTGAC > NC_000913/4624917‑4625401 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |