| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 5,806 | G→A | F218F (TTC→TTT) | yaaA ← | DNA binding and peroxide stress response protein YaaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 5,806 | 0 | G | A | 97.3% | 112.7 / ‑6.2 | 37 | F218F (TTC→TTT) | yaaA | DNA binding and peroxide stress response protein YaaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (22/14); total (22/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCGTCTTATCAGGCCTACGTTAATTCTGCAATATATTGAATCTGCATGCTTTTGTAGGCAGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATACTCATCTGACGCCAGATTAATCACCACATTATCGCCTTGTGCTGCGAGCGCCTCGTTCAGCTTGTTGGTGATGATATCTCCCCAGAATTGATACAGATCTTTCCCTC > NC_000913/5582‑6044 | cgcgTCTTATCAGGCCTACGTGAATTCTGCAATATATTGAATCTGCATGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAAGCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATAAAACGACTCATCAGACCGCGTGCttt > 2:659312/1‑251 (MQ=255) aGGCCTACGTGAATTCTGCAATATATTGAATCTGCATGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAAGCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATAAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGa < 1:668987/251‑1 (MQ=255) cgtgaaTTCTGCAATATATTGAATCTGCATGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAAGCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATAACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCtgat > 2:591713/5‑251 (MQ=255) gCATGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAAGCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATAAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATTATCTTAAATTTGCCGttcttc < 1:494859/247‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaCACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAAGCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATAAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATTATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAACTACTCATCTGACGcc > 1:361146/1‑247 (MQ=255) cacCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAAGCTTCATCAAAGAAGTATCCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATAAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATTATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATACTCATCTGACGCCAGATTaa < 1:190024/251‑1 (MQ=255) ggaggaAGCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATAAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATTATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATATTCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATACTCCTCTGACGCCAGATTAATCACCACATTATCGCCtt > 2:245797/1‑251 (MQ=255) 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aTTTTCAATAATAAAACGACTCAACAGTCCTCGTTCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATTATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCGTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATACTCATCTGACGCCAGATTAATCTCCACATTATCGCCTTGTGCTGCGAGCGCCTCGTTCAGCTTGTTGGTGATGATATCACCCCAGAATTGATACAGATCTTTCCCTc < 2:603313/251‑1 (MQ=255) | CGCGTCTTATCAGGCCTACGTTAATTCTGCAATATATTGAATCTGCATGCTTTTGTAGGCAGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATACTCATCTGACGCCAGATTAATCACCACATTATCGCCTTGTGCTGCGAGCGCCTCGTTCAGCTTGTTGGTGATGATATCTCCCCAGAATTGATACAGATCTTTCCCTC > NC_000913/5582‑6044 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |