| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,623,656 | T→C | L154L (CTA→CTG) | lplA ← | lipoate‑‑protein ligase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,623,656 | 0 | T | C | 97.4% | 232.0 / ‑4.4 | 77 | L154L (CTA→CTG) | lplA | lipoate‑‑protein ligase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (44/31); total (45/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
GTTTCGGCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTTCGGGGAGATGATTTCCGCTTCCACGCGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTCGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTGAGGTCGGCATTGAGT‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCGCGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGAGCCTGAGACTTTGCGGTCGCCTTCGACGGTTTTCACCACCAGATCGTTACGTCCGGACGCTTCGGCGCTGACGCCGAGCGCGTTCAGCGCATTGAGCACAATCGACGTGGAGATAGTTTTATCGTACTCCGGCTTGCCAGCCATAAAGGTAAAGCAGGTATTGCCGAGATCGTGGAACACCGCGCCGCCAC > NC_000913/4623414‑4623897 | gTTTCGGCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATACTGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAAGGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGAGAGTTTGCCAAGCGGCTAAGGGCGGCCTTGACC‑AGCAAggg > 2:322347/1‑250 (MQ=255) ggCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCgt > 1:584754/1‑251 (MQ=255) ggCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCCGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCgt > 1:83547/1‑251 (MQ=255) ggCGAAGTTTGGCAAGACTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGCTTTCAGCTTCTACACGCTCGCCATACTGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTAGGTGAGGTTGGTACCGCGGGAAAGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGGTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTGGCCCGGCGGCTAAGGTCGGCATT‑TGTCAGCAAGGTGCCgg > 2:538409/1‑250 (MQ=255) gAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAAATGATTTCCGCTTCTACACTCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCGGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCgtggt < 2:641912/251‑1 (MQ=255) gCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGcca < 1:619667/251‑2 (MQ=255) cAAGTCTGTGGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCCCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGccac < 2:545451/251‑3 (MQ=255) cAAGTCTGGCGTTTTGCCCGGGGCGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCTGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGctcc > 2:382994/1‑248 (MQ=255) tGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCtt > 1:363176/1‑251 (MQ=255) gggCGTTTGGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTGGGTCACGCGGGAACGCACTGATGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGTCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCtt < 1:157567/250‑1 (MQ=255) 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atTTCAGCTTCTACACGCGCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACAGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGGTTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTACTGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGACGCCACGATCTTTGCGTTCGCGATAGGCCGaacc > 1:73672/1‑248 (MQ=255) cttctacacgcTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGACGAGGTGGAAGCCACGATTTTTGGTTTCGCGATAGGCCGAACCTGAGACt > 2:117934/9‑251 (MQ=255) tctacacgcTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGGGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGATCCTGAGGCttt > 2:339185/7‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |